總部內警報聲大作，神秘身影在陰影中穿梭，氣氛瞬間緊張到了極點。大雄、哆啦A夢、胖虎、靜香和其他駕駛員們迅速行動起來，朝著神秘身影出現的方向趕去。
“大家小心，不知道這些傢伙是什麼來頭。”哆啦A夢一邊跑一邊提醒道。
“哼，不管是什麼，敢來這裡搗亂，就把他們打跑！”胖虎揮舞著拳頭說道。
當他們趕到時，只見那些神秘身影身形矯健，行動敏捷，全身籠罩在黑色的斗篷裡，看不清面容。他們在總部的資料室附近徘徊，似乎在尋找著特定的東西。
“你們是什麼人？”大雄大聲問道。
神秘身影並沒有回應，其中一個突然朝著大雄他們衝了過來，速度之快讓人驚訝。
“小心！”靜香喊道。
眾人立刻做好戰鬥準備，操控著EVA機體與神秘身影對峙。神秘身影手中亮出一把散發著奇異光芒的武器，朝著大雄的EVA機體砍來。大雄急忙躲避，同時用機體的武器進行反擊。
“這些傢伙不好對付啊！”大雄透過通訊器說道。
“大家注意他們的攻擊方式，好像很有章法。”渚薰冷靜地觀察著。
在戰鬥中，他們發現這些神秘身影雖然個體戰鬥力不如使徒，但配合默契，而且似乎對總部的環境有所瞭解，總是能巧妙地避開防禦系統的攻擊。
“我們得把他們包圍起來，不能讓他們亂跑。”真嗣指揮道。
於是，駕駛員們分成幾個小組，試圖從不同方向包圍神秘身影。然而，神秘身影似乎察覺到了他們的意圖，其中幾個突然釋放出一陣煙霧，趁著煙霧瀰漫，他們開始分散逃竄。
“別讓他們跑了！”胖虎喊道。
大家急忙追去，在追逐過程中，哆啦A夢發現其中一個神秘身影朝著之前發現加密檔案的研究室跑去。
“他們的目標可能是那些檔案！”哆啦A夢說道。
“我們得攔住他們！”大雄加快速度，朝著那個神秘身影追去。
當他們趕到研究室時，神秘身影已經在試圖破解檔案儲存裝置的防護系統。
“住手！”大雄喊道，操控EVA機體朝著神秘身影發動攻擊。神秘身影轉身迎戰，在戰鬥中，神秘身影的斗篷被掀開一角，露出了一隻閃著紅光的眼睛。
“這……這是什麼？”大雄驚訝地說。
就在這時，其他駕駛員也陸續趕到，大家一起合力將這個神秘身影制伏。
“把他帶回審訊室，一定要問出他們的目的。”碇司令下令。
在審訊室裡，神秘身影依然保持沉默，無論大家怎麼詢問，都沒有得到任何回應。
“看來這些傢伙嘴很嚴啊。”胖虎有些懊惱地說。
“我們得想別的辦法，也許從他們的武器或者裝備上能找到線索。”哆啦A夢建議道。
科研人員對神秘身影的武器和裝備進行了分析，發現這些裝備的技術非常先進，而且其中一些材料和使徒的構成物質有相似之處。
“這說明他們和使徒可能有某種聯絡。”科研人員說道。
就在大家對神秘身影進行調查的時候，城市中又出現了新的異常。多個地點出現了小型的能量漩渦，這些漩渦雖然沒有使徒出現時那麼強大，但卻不斷釋放出干擾訊號，影響了城市的通訊和電力系統。
“這肯定是那些神秘身影搞的鬼，他們是想分散我們的注意力。”靜香說道。
“不管他們有什麼陰謀，我們不能讓城市陷入混亂。”大雄堅定地說。
駕駛員們再次出動，前往各個能量漩渦地點進行調查。當他們到達一個能量漩渦附近時，發現這裡的磁場異常強大，EVA機體的行動受到了很大限制。