熊廷弼經略遼東才短短几個月，老毛病就犯了，從頭到尾和巡撫周永春、巡按陳王庭之間的齷齪就沒斷過。
周永春、陳王庭上書朝廷，彈劾熊廷弼獨斷專行，剛愎自用，全無大臣風度，一言不合，即開口大罵，罵起人來喋喋不休，沒完沒了，實在不堪忍受，兩人雙雙提出辭職。
＂遼東有廷弼在即萬事大吉，我等無用之人還是退避三舍為妙。＂
方從哲早就料到熊廷弼會鬧這一出，嫌惡之餘卻只得耐著性子給他寫了一封信，溫言款語勸他，脾氣該改一改了，再怎麼說也是個進士，一肚子孔孟文章，動輒辱罵撫按大臣，實在有辱斯文，要他以大局為重，給周永春、陳王庭賠個不是，這個事就算過去了。
過了幾天，方從哲收到熊廷弼回信，信中說：
＂廷弼並非存心罵人，只是幼年喪父，日以捉魚摸蝦、砍柴放牛為活，不識文學禮儀。更兼荊楚之地，鄉風向來剽悍，裡中少年多無賴輩，皆以好勇鬥狠善罵為能，廷弼混跡其中，亦沾染此等壞習氣。
及至年長，方幡然悔悟，於是棄武學文。然積習實在難改，屢悔屢犯。廷弼悔之慾死，已向周巡撫陳巡按請罪，幸二公寬宏大量，饒過廷弼。廷弼保證今後痛改前非，若有再犯，情願罰俸一年。＂
方從哲見他說得誠懇，也樂得兩頭抹稀泥，分別給周永春、陳王庭寫了一封信，勸他們大人大量，大局為重，齊心協力把遼東的事辦好。
剛剛安撫好周永春陳王庭，熊廷弼又為了重修遼東邊牆的事，與部院大臣展開了激烈的罵戰。
方從哲總算明白，狗終究是改不了吃屎的，熊廷弼的保證比狗屁更不值錢。
遼東邊牆始建於永樂年間，西起山海關，東至寬甸，全長近兩千裡，是防禦蒙古各部和女真各部的工事。
沿線計有邊堡九十八座，墩臺八百四十九個，邊堡駐軍從四五十人到五六百人不等。
每十里設一堡，每五里設一臺，堡臺間雜，隘口林立，以烽火臺傳警，以瞭望臺觀敵，星羅棋佈，形成了一道固若金湯的防線。
遼東邊牆共分三段，西段由山海關經遼西走廊到白土廠關；
中段則與遼河河套大體重合，呈一個巨大的V字形；
東段則從鎮北關一路南下，直抵靠近朝鮮邊界的九連城，是明朝與女真的邊界線。
整個遼東邊牆之內面積達八萬平方公里，是東北地區最溫暖、最肥沃、開發得最好的區域，在那裡生活著數十萬漢人。
而在邊牆之外，則生活著蒙古人、女真人。
朱棣深謀遠慮，卻架不住子孫不爭氣。
從朱厚熜開始，遼東邊牆就久不得修繕，更兼蒙古人女真人一再衝擊，許多地段損毀嚴重，大部分堡塞都無人駐守，漫長的防線上出現了一個個缺口。
尤其是朱翊鈞殆政三十年，遼東邊牆的東段幾乎被譭棄殆盡，牆磚被人扒了偷走，努爾哈赤進出邊界比踩自家菜園子還要隨便。
薩爾滸之戰後，明軍收復了撫順關、鴉鶻關兩座大關。
熊廷弼審時度勢，提出了一個雄心勃勃的計劃——
用三年時間，重建遼東邊牆東段。
將從北到南一字排開的鎮北關、廣順關、撫安堡、撫順關、散羊峪堡、鴉鶻關、葦子峪、鹼場堡、孤山堡、璦陽堡、新安堡、九連城等十二座大型堡塞，打造成十二座堅固堡壘，每座堡壘派八百至三千人駐守。
熊廷弼信心滿滿地表示——
只要這一個計劃能夠完成，就能隔絕建州女真與東蒙古各部的聯絡，並且能將建洲女真牢牢封死在東段邊牆之外。
然後，對建州女真實行全方位無死角的禁運，不讓一粒糧食、一尺布、一斤鐵流入。