鬼門十三針是由《鬼門十三針·針刺篇》中的鬼封、鬼宮、鬼窟、鬼壘、鬼路、鬼市、鬼堂、鬼枕、鬼心、鬼腿、鬼信、鬼營、鬼藏、鬼臣等。十三鬼穴中選其對癲、狂、癇有奇特治療作用的腧穴，經過十餘代人的經驗總結，並增補數穴而成，沿用至今。
孫真人針十三鬼穴歌
百邪顛狂所為病，針有十三穴須認，凡針之體先鬼宮，次針鬼信無不應。
一一從頭逐一求，男從左起女從右，一針人中鬼宮停，左邊下針右出針，
第二手大指甲下，名鬼信刺三分深，三針足大指甲下，名曰鬼壘入二分，
四針掌後大陵穴，入針五分為鬼心，五針申脈為鬼路，火針三下七鋥鋥，
第六卻尋大椎上，入發一寸名鬼枕，七刺耳垂下五分，名曰鬼床針要溫，
八針承漿名鬼市，從左出右君須記，九針勞宮為鬼窟，十針上星名鬼堂，
十一陰下縫三壯，女玉門頭為鬼藏，十二曲池名鬼臣，火針仍要七鋥鋥，
十三舌頭當舌中，此穴須名是鬼封，手足兩邊相對刺，若逢狐穴只單通，
此是先師真妙訣，狂猖惡鬼走無蹤。
一針鬼宮，即人中，入三分。
二針鬼信，即少商，入三分。
三針鬼壘，即隱白，入二分。
四針鬼心，即大陵，入五分。
五針鬼路，即申脈（火針），三下。
六針鬼枕，即風府，入二分。
七針鬼床，即頰車，入五分。
八針鬼市，即承漿，入三分。
九針鬼窟，即勞宮，入二分。
十針鬼堂，即上星，入二分。
十一針鬼藏，男即會陰，女即玉門頭，入三分。
十二針鬼臣，即曲池（火針），入五分。
十三針鬼封，在舌下中縫，刺出血，仍橫安針一枚，就兩口吻，令舌不動，此法甚效。
更加間使、後溪二穴尤妙。男子先針左起，女子先針右起。
單日為陽，雙日為陰。陽日、陽時針右轉，陰日、陰時針左轉。
刺入十三穴盡之時，醫師即當口問病人；何妖何鬼為禍，病人自說來由，用筆一一記錄，言盡狂，方宜退針。
針邪密要
凡男婦或歌或笑，或哭或吟，或多言，或久默，或朝夕嗔脹，或晝夜妄行，或口眼俱斜，或披頭跣足，或裸形露體，或桑見神鬼，如此之類，乃飛蟲精靈，妖孽狂鬼，百邪侵害也。欲治之時，先要愉悅：謂病家敬信醫人，醫人誠心療治。兩相喜悅，邪鬼方除。若主惡砭石,不可以言治，醫貪貨財，不足以言德。
書符：先用硃砂書太乙靈符一道，一道燒灰酒調，病人服，一道貼於病人房內。書符時，念小天罡咒。
唸咒：先取氣一口，次念天罡大神，日月常輪，上朝金闕，下覆崑崙，貪狼巨門，祿存文曲，廉真武曲，破軍輔弼，大周天界，細入微塵，玄黃正氣，速赴我身，所有凶神惡煞，速赴我魁之下，母動母作，急急如律令。
定神：謂醫與病人，各正自已之神。神不定勿刺，神已定可施。
正色：謂持針之際，目無邪視，心無外想，手如握虎，勢若擒龍。禱神：謂臨針之時，閉目存想一會針法，心思神農黃帝，孫韋真人，儼然在前，密言從吾針後，病不許復。乃掐穴咒曰：大哉乾元，威統神天，金針到處，萬病如拈，吾奉太上老君，急急如律令。
咒針：謂下手入針時，呵氣一口於穴上，默存心火燒過，用力徐徐插入，乃咒曰：布氣玄真，萬病不侵，經絡接積，龍降虎升，陰陽妙道，插入神針，針天須要開，針地定教裂，針山須使崩，針海還應竭，針人疾即安，針鬼悉馘滅。