大古、藤宇和老秦帶領探險隊在神秘外星生物的指引下，朝著星球的核心深入。一路上，他們看到這個星球的生態環境變得越來越糟糕，原本蔥鬱的植被變得枯黃，河流乾涸，空氣中瀰漫著一股腐臭的氣息。
當他們接近核心區域時，那種熟悉的詭異氣息愈發濃烈。藤宇皺著眉頭說。
“沒想到又是詭異造成的，看來它們已經在宇宙中擴散得很嚴重了。”
在核心區域，他們看到一個巨大的黑暗漩渦，無數的詭異生物在漩渦中進進出出，似乎在不斷地汲取這個星球的能量。這些詭異生物的形態比他們之前遇到的更加扭曲和恐怖，有的像巨大的骨架，有的像流淌著黏液的肉塊。
外星生物對著大古他們說。
“就是這個黑暗漩渦在吞噬我們星球的生機，我們嘗試了很多方法都無法阻止它。”
大古看著眼前的黑暗漩渦，堅定地說：“我們一定要阻止它。”
藤宇再次拿出銀河火花人偶，變身成銀河奧特曼。銀河奧特曼衝向黑暗漩渦，他施展出銀河岩漿風暴，將銀河聖劍插入地表並注入能量攻向黑暗漩渦。然而，黑暗漩渦只是微微顫抖了一下，並沒有被破壞。
賽羅奧特曼（藤宇切換形態）緊接著使出賽羅雙射線，強大的光線與銀河岩漿風暴的能量融合在一起，朝著黑暗漩渦衝去。這次，黑暗漩渦的旋轉速度減慢了一些，但詭異生物們開始瘋狂地反擊。
它們從黑暗漩渦中湧出，朝著銀河奧特曼和探險隊撲來。大古和勝利隊隊員們用武器抵擋著詭異生物的攻擊，老秦則在一旁尋找黑暗漩渦的弱點。
在戰鬥中，銀河奧特曼發現，每當詭異生物從黑暗漩渦中出來時，黑暗漩渦的能量就會短暫地減弱。他想到了一個辦法，他朝著大古喊道：“大古，我來吸引這些詭異生物出來，你找機會攻擊黑暗漩渦的中心。”
大古點了點頭。銀河奧特曼開始主動挑釁詭異生物，他不斷地使用銀河超級拳術和銀河超級踢術，將一波又一波的詭異生物從黑暗漩渦中引出來。
隨著越來越多的詭異生物被引出，黑暗漩渦的能量波動變得越來越不穩定。大古看準時機，拿出神光棒變身成迪迦奧特曼。迪迦奧特曼施展出哉佩利敖光線，光線直直地朝著黑暗漩渦的中心射去。
與此同時，地球這邊，各國正在和詭異生物進行著艱苦的戰鬥。聯合國組織了全球的軍事力量，在空中、陸地和海洋上與詭異生物對抗。
飛燕號等各種戰鬥機在天空中穿梭，向詭異生物發射各種高科技武器。地面上，巨大的機甲戰士與體型龐大的詭異生物近身搏鬥，每一次攻擊都伴隨著強烈的震動。
海洋中，特製的潛艇也在和從海底出現的詭異生物戰鬥。科學家們還研發出了一種能夠暫時驅散詭異生物的能量護盾，在城市周圍建立起一道道防護線。
但是，詭異生物的數量太多了，而且它們不斷地進化，變得越來越難以對付。
回到神秘星球，迪迦奧特曼的哉佩利敖光線擊中黑暗漩渦中心後，黑暗漩渦開始劇烈地搖晃起來。銀河奧特曼趁機施展出銀河ESpEcIALLY，全身水晶發出強烈的七色光芒，聚集所有的力量，從全身持續發射銀河般的強力光彈，朝著黑暗漩渦射去。
在他們的聯合攻擊下，黑暗漩渦終於承受不住，開始崩潰。裡面的詭異生物發出痛苦的嚎叫聲，隨著黑暗漩渦的消散，它們也灰飛煙滅。
神秘星球的危機解除了，外星生物感激地對大古他們說。
“謝謝你們拯救了我們的星球，現在我們願意與你們共享那個能量源。”
大古、藤宇和老秦帶著能量源回到地球。這個能量源的到來，為地球對抗詭異生物帶來了新的希望。科學家們利用這個