在解決了那顆偏遠星球的危機後，主角和夥伴們繼續在宇宙間巡查。沒過多久，他們察覺到一股強大的能量波動從銀河系中心傳出。趕到現場後，只見一艘巨大無比的古老戰艦橫亙在那裡，戰艦上刻滿了各種看不懂的符文。
正當他們疑惑之時，戰艦艙門開啟，走出一群全身包裹著金屬機甲的生物。為首的那個機甲生物開口道：“你們屢次破壞偉大計劃，今天便是你們的死期。”原來這些生物是遠古宇宙種族的後裔，妄圖重塑宇宙秩序成為主宰，之前的種種事件都是他們的佈局。
主角毫無畏懼，帶領夥伴們衝了上去。戰鬥中，主角發現這些機甲生物可以吸收並轉化他們的攻擊能量。於是主角靈機一動，改變戰術，讓夥伴們佯攻，自己則悄悄潛入戰艦內部。在戰艦內部，主角找到能量轉換裝置並將其破壞。外部的機甲生物頓時亂了陣腳，主角和夥伴們乘勢一舉擊敗了他們。經此一役，主角明白宇宙隱藏的秘密還有很多，他們必須時刻做好準備，繼續守護宇宙的和平與安定。
主角和夥伴們離開銀河系中心後，繼續踏上巡查之旅。在航行途中，飛船的探測系統突然捕捉到一種奇特的訊號，這訊號不同於以往任何已知文明發出的。順著訊號源尋去，他們來到一片神秘星雲之中。這裡瀰漫著五彩斑斕的光芒和迷霧般的物質。
當他們深入其中時，發現一座巨大的水晶建築漂浮在星雲中。建築周圍環繞著一些散發著柔和藍光的球體。還沒等他們靠近，一道光牆擋住了去路。這時，從建築裡射出一道投影，是一個看起來充滿智慧的類人生物形象。它說道：“你們透過了考驗，是值得信任的守護者。這座建築裡藏著關於宇宙起源的部分真相以及對抗未來未知危險的力量源泉。”主角等人懷著敬畏之心走進建築，裡面有著無數閃爍的資料光流和神秘的裝置。從此，他們帶著新的使命，藉助這裡的知識和力量，更加堅定地守護宇宙。在探索水晶建築內的奧秘許久之後，主角和夥伴們逐漸掌握了其中一部分知識與力量的運用方法。然而，就在他們準備離開之際，建築內突然響起一陣警報聲。
原來是之前被打敗的遠古宇宙種族後裔留下了後手，他們暗中啟動了一個自毀程式，企圖摧毀這座蘊含宇宙機密的建築並且消滅主角一行人。
主角冷靜下來，憑藉著剛剛獲取的新知識，迅速找到了控制自毀程式的核心樞紐。但要解除程式必須同時輸入一組複雜而特殊的密碼，這組密碼分散在建築各個角落的神秘裝置當中。
夥伴們立刻分工合作，爭分奪秒地尋找密碼碎片。在最後一刻，主角成功將所有密碼碎片組合起來，解除了自毀程式。
經歷這場驚險後，主角深知保護宇宙的道路佈滿荊棘。他們帶著從建築中得到的一切，重新登上飛船，朝著浩瀚宇宙更深處進發，隨時準備應對下一個威脅宇宙和平與安寧的挑戰。他們在宇宙中繼續前行，不久便發現一顆藍色的星球，星球周圍散發著祥和的氣息。主角決定前去探查一番。降落到星球表面後，他們發現這裡的生物類似地球上的精靈族，身形纖細，耳朵尖尖，而且都擁有操控自然之力的能力。
這些精靈族熱情歡迎主角一行人的到來，並告知他們這個星球即將面臨一場可怕的黑暗風暴侵襲。主角等人決定留下來幫忙。他們利用從水晶建築中學到的知識，結合精靈族的自然之力，開始構建防禦工事。
可是隨著黑暗風暴臨近，眾人發現這股風暴背後有一雙無形的大手在操縱，竟然又是遠古宇宙種族後裔的陰謀。他們想要利用黑暗風暴毀滅這個美麗的星球以報復主角他們。
主角等人沒有絲毫退縮，他們鼓舞精靈族一起奮戰。主角憑藉新獲得的力量，衝入風暴中心，經過一番苦戰，終於找到幕後黑手並將其擊敗。
黑暗風暴消散，