然而，新的危機又悄然浮現。一種名為“暗能瘟疫”的神秘力量開始在宇宙中蔓延，感染了無數的星球和生命。被感染的生物會陷入瘋狂和變異，對周圍的一切進行攻擊。
聯合艦隊立刻展開調查，發現這種“暗能瘟疫”似乎是由一個古老的邪惡意識所控制。為了對抗這股邪惡力量，聯合艦隊深入研究暗能的特性，開發出了一種名為“光明淨化波”的武器，能夠驅散暗能的影響，恢復被感染生物的理智。
但在治療過程中，他們遭遇了重重困難。“暗能瘟疫”不斷進化，產生了抗藥性，使得“光明淨化波”的效果逐漸減弱。
聯合艦隊不得不加快研發新的治療方法。同時，他們還要應對那些已經完全變異、失去理智的生物的攻擊。
在一次救援行動中，聯合艦隊發現了一個隱藏在暗能核心的秘密實驗室。實驗室中儲存著關於“暗能瘟疫”的起源和控制方法的關鍵資訊。
然而，當他們準備獲取這些資訊時，卻遭到了一群神秘機械生物的襲擊。這些機械生物似乎是為了保護實驗室中的秘密而存在，它們擁有強大的攻擊力和防禦力。
聯合艦隊與機械生物展開了一場激烈的戰鬥。在戰鬥中，他們發現這些機械生物的行動模式具有一定的規律，透過巧妙的戰術安排，最終成功擊敗了機械生物，獲取了實驗室中的關鍵資訊。
根據這些資訊，聯合艦隊找到了控制“暗能瘟疫”的方法。他們製造出了一種特殊的裝置，能夠中和暗能的核心力量，從而徹底消除“暗能瘟疫”的威脅。
經過艱苦的努力，“暗能瘟疫”終於被控制住，宇宙中的生命逐漸恢復了正常。但聯合艦隊的使命還沒有結束，他們繼續在宇宙中巡邏，守護著宇宙的和平與安寧。
在未來的日子裡，聯合艦隊又發現了一種能夠穿越不同宇宙的神秘通道。通道的另一端似乎隱藏著無數的秘密和強大的力量。
聯合艦隊懷著探索未知的勇氣和決心，毅然踏入了通道，開啟了新的冒險之旅……