接下來的幾天，攻城之戰激烈展開。但現在是多雨季節，朱然軍隊的火炮並沒有發揮應有的效果。戰爭進行的很艱難，只有等雨水停下來時才見到特別的功效，才有明顯的進展。
陸宋島居住有很多華人移民，但更多的是土著人。因有前期的不堪經歷，並不見得所有的華人移民都支援朱然的軍隊。本地土著人似乎已習慣佛朗機人的統治，對前朝國王的感情也淡了很多，所以以王子的號召力並不大，很多本地土著人都把朱然這些外來軍隊視為侵略者。
就這樣磕磕碰碰打了大半個月，還沒攻下瑪尼拉城，瑪尼拉城是本島最大的城市。反而是鄭保仔的野路子隊伍，打得比較順利，他們自北往南進攻，約在下半月時間，已提前到達瑪尼拉城外，和朱然的隊伍會師了。
兩支隊伍的會合進攻，給了城內佛朗機人極大的壓力。很快，城內的佛朗機人派人出來要求談判議和。
朱然召集各個將領及謀士開會商討對策。
朱然說：“佛朗機人初步的條件是他們撤出瑪尼拉城，讓給我們，但是我們的軍隊不能再南下，雙方劃線而治。大家覺得如何？”
陳也俊發言說：“他們在城內，後勤供應不上，特別是火炮。這是緩兵之計。”
朱然說：“我們也面監著同樣的問題，雙方僵持著，相互內耗，我們也耗不起。最主要，我們是客場，他們是主場，我們還沒適應這裡的奪雨天氣。我們不能靠消耗人命來贏得戰爭的勝利。”
他又繼續說：“我們低估了對方的實力，他們已在這經營了幾年，已基本站穩了腳跟，天時地利人各我們都不佔優。唯有火器方面和他們平起平坐，可能會略勝一丁點，構不成絕對優勢。其實做生意和打仗一樣，必然要有絕對的壟斷地位，就是絕對優勢，才有勝算。”
鄭保仔問：“朱將軍的意思是同意議和，但下一步有什麼辦法保障我們會有絕對優勢，很明顯，議和是雙方為了喘口氣，都會有回去重整兵馬，準備再戰的心理。”
這話說出了現實情況，一旦對方緩過來，所謂的和平協議就是一張廢紙。最終還是誰的拳頭硬誰說了算，真理總在大炮的射程之內。
“東番的南部距離陸宋島北部很近，我們會重點發展東番南部的海軍和兵工廠，在地理上挽回點優勢，把松江府的火器廠大部分搬到東番南部，在火炮器械方面要有壓倒性的優勢，我相信，他們也想做同樣的事。戰爭本質上是兵器技術上和隊伍管理制度的競爭，其它都是配套工夫。喘氣休整也是技術及後勤的競爭，不要焦急於一時的調整。”朱然無奈說道。
會議決定就些停戰議和，讓談判官阮文濤向對方多要點黃金賠償，已攻打的陸宋島北部歸朱然的東番政權管轄，南部仍由佛朗機人統治。
談判完畢後，接下來讓陳也俊帶一部分兵員駐守陸宋島北部佔領區，行政上由阮文濤暫行管理，以後會在本地華僑中選出有名望的代表，出任行政長官。至於王子，還是讓他擔當一個國王的虛職，配合行政長官收攏和安撫民心。
休整幾天後，朱然和鄭保仔等人帶領餘下船隊，運載著一批黃金等物資，回到東番。
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