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張讓脫罪對王允心懷忿一心想伺機打擊報復王允。第二張讓終於找到一個借將王允逮捕下獄。不正好趕上朝廷大王允免罪釋還復刺史原職。可睚眥必報的張讓並沒就此罷沒出十他又以另一個“莫須有”的罪名將王允治王允再度入獄。
司徒楊賜素知王允的為人和品xìn知道張讓是有意想置王允於死為了替王允開讓他免受痛苦和屈楊賜派手下人勸告王允說：“你因事得罪宦官張一月之兩次下很明顯他是有意和你過不去。如今你是兇多吉xìng命都難保。為了成就自己的志你又何必不先退讓一忍一忍呢？大丈夫能屈能如果只一味好強。恐怕他不會放過請你仔細思量思量吧！”
王允手下的從事也對王允的再次入獄深感憂他們想方設法營救王允。有一名好鬥氣的下屬去獄中探望王允痛哭流勸王允向張讓認錯賠罪。求他網開一被王允怒斥拒絕。下屬找來一杯氣憤地對王允說：“你既然如此保全自不如喝下這杯毒酒算又何必還在獄中受別人的折磨呢？”
可出乎下屬的意料。王允一把奪過酒厲聲說道：“我是堂堂天子的臣君王賜罪於我應當接受懲按照王法在街頭斬首示而且天下人都應以我為戒。不再違反法維護社會的安哪有私自吞喝毒以死逃避法律制裁的道理？你們不用再勸我我意已決”說便把酒潑倒在地自己走近囚車。又重新被關進監獄。
由於王允一直又沒有向張讓賠罪認張讓又進一步渲染他的所謂的罪行情節。不王允的案件被提王允的手下官員和朋友以及朝中許多官員都十分著想制止張讓對王允的陷害。大將軍何進、太尉袁司徒楊賜聯名向皇帝上替王允求希望皇上能夠赦免王允。他們在奏章中寫道：王允嚴於律寬以待為官盡忠盡誠。寬宏賢具有君子的風範和氣節。過去晉悼公和先朝孝文皇帝能明辨是赦免大臣的罪陛下就不能仿效嗎？如此王允受命於朝誅討逆賊。安撫良本應論功行加官進爵；難道就因如此微不足道的小事就定他死罪嗎？陛下如此不公平地給予他處恐怕有負眾百官有所不服吧。”
靈帝劉宏看完奏章便赦免了王允的死但仍下獄重新定罪。這年冬又逢朝廷大赦。由於張讓始終從中作王允仍不在赦免之列。何進、袁隗、楊賜等三公要員繼續上書皇要求赦免王允。等到第二王允才被免罪釋放。當朝中宦官當張讓閹黨憑藉權勢橫行霸為所yù為。剛剛出獄的王允雖對張讓等人的行徑深惡痛但因力量有隻得改名換離開都城洛輾轉於河內、陳留之間。
不久靈帝駕王允急忙趕赴洛陽弔喪。此朝廷局勢極度混以何進為首的外戚勢力大閹黨張讓失去了對zhōng ；yāng政權的控制面臨覆滅的危險。大將軍何進利用各地方官吏奔喪的機大肆結交和拉攏親己勢以謀張讓。王允一到洛就被何進緊急召並說明意圖。
王允很感激何進對他的救命之便滿口答並擔任從事從郎一職。後來情況發生急張讓集結黨用何太后召見何進的名義把何進騙入宮趁機伏殺。王允不得不遷任河南暫時逃避張讓的囂張氣焰。張讓伏殺何進曾奉密召的董卓、袁術等人立即領兵進討殺張讓。張讓、段掛等人挾持少帝劉辯和陳留王劉協半夜出逃。當朝中公卿大夫被急變的局勢嚇得不知所他們都不敢護衛少帝。王允立即派遣一部分士兵跟隨尚書盧植一起保護少事又奉迎少帝回宮。
公元189董卓廢掉少獻帝劉協繼王允被拜為太不久遷任尚書令。公元190王允替代楊彪擔任司徒職同時兼