人大代表也聯合提交了一份議案，要求“合理利用三門峽水庫”。議案說，三門峽水利樞紐是治黃工程體系最重要的組成部分，擔負著黃河下游防洪、防凌的重任，保護著冀、豫、魯、皖、蘇5省25萬平方公里範圍內1。7億人口的生命財產安全。
隨後，2004年9月17日，三門峽市也打破常規向水利部直接發去了長達5000多字的緊急請示，請示的中心內容是：“三門峽市離不開三門峽水庫！三門峽人民離不開三門峽水庫！”
今年的十屆全國人大四次會議期間，河南32名全國人大代表提交一份《關於全國人大常委會對三門峽水庫有關問題做出決議或決定的議案》，《議案》中稱，三門峽水庫降低水位和汛期敞洩執行試驗的3年中，河南、山西部分地區深受影響，僅三門峽市的地方財政收入就損失6億多元，6萬畝灌溉農田遭受旱災；63萬農村人口和30萬市區人口飲水困難。如果水庫繼續降低水位和汛期敞洩，“不僅會嚴重製約河南、山西兩省部分地區經濟發展，而且大批庫區移民返遷難以避免，將產生新的矛盾……”
誰來做出裁決
2003年8月的陝西渭河流域洪災，是新一輪三門峽水庫存廢之爭的誘因。陝西方面及部分專家認為，是因為三門峽水庫引起潼關高程，從而導致洪災。而早在該次洪災之前，水利部及其下屬的黃河水利委員會就開始對三門峽水庫進行原型試驗，以驗證三門峽水庫執行水位與潼關高程升高的關係。2002年11月，水利部、黃委會在鄭州召開協調會，決定三門峽水庫進行非汛期318米、汛期敞洩的原型執行試驗，非汛期水位比以前降低了兩米；試驗期限為一年。一年後得出試驗結果表明，三門峽水庫對潼關高程沒有影響。此後原型試驗沒有停止，三門峽水庫2004年仍實行了汛期敞洩的執行方式。
三門峽爭端一直以來技術專家處於重要地位。黃萬里與溫善章是最初的反對者。在最新一輪爭議中，水利界泰斗張光鬥和水利專家、前水利部長錢正英，扮演著議題挑起者角色。水利專家分成了維持派和廢止派兩個陣營，爭論陷入了公說公有理、婆說婆有理的困境。爭論焦點始終圍繞著泥沙、潼關高程、三門峽大壩這些關鍵詞。
陝西省泥沙專家夏邁定說，渭河小水釀大災的癥結在於泥沙的淤積，不應忽視對涇河泥沙的控制；此外，三門峽水庫除了降低潼關高程外，還應擴大洩洪能力，三門峽水庫第三次改建勢在必行。
而在2003年10月，國家水利部召集陝、晉、豫三省相關部門及部分專家學者在鄭州召開的“潼關高程控制及三門峽水庫運用方式專題調研會”上，水利部副部長索麗生指出，有必要對三門峽水庫的運用方式進行調整，三門峽水庫的防洪、防凌、供水等功能可由小浪底水庫承擔。
黃委會防汛辦有關負責人說：“廢掉三門峽水庫絕非明智之舉。”三門峽水庫防汛作用主要體現在兩個方面：一是按照小浪底水庫設計要求，只有當位於河南境內的小浪底、三門峽、故縣、陸渾水庫“四庫聯調”時，黃河下游才能達到千年一遇的防洪標準；二是當黃河下游發生嚴重凌情時，需要三門峽與小浪底水庫聯合控制，三門峽水庫需要滯蓄20億立方米的水量。
三門峽水利樞紐管理局副局長劉紅賓曾撰文說，部分專家學者提出了三門峽水庫的去留問題，廢除、炸壩、敞洩、停運等不一而足的觀點再一次叫響。隨著小浪底水庫的建成，提高了對黃河下游洪水的控制能力，原來由三門峽、故縣和陸渾水庫承擔的任務將有比較大的調整，需要對現有資源進行整合，但無論怎樣調整與整合，都不應是迎新棄舊，用新庫替代老庫。
在新的情況下，對三門峽水庫的歷史地位和在今後黃河治理與開發中的作用，也需要重新審視和定