《nature》雜誌社裡面的編輯看了，卻和原先的thomas一樣，拿不定主意。他們素來嚴謹，對不知道正確與否的論文一向持謹慎態度，即便有盧瑟福的推薦，也只肯在“讀者來信”中登出。好在a粒子散射實驗並不難做，盧瑟福很快在實驗室中驗證了論文中的資料，並迅速報告了自己的結果，進而推定yorkjohnson關於原子結構的猜想是合理的。
《nature》、《science》都是週刊，這兩篇論文相差不過一兩個月，但卻成功的建立了一個微觀的原子結構模型，在西方物理學界引起極大的反響，一時之間，議論紛紛。
盧瑟福聽了康格太太對於yorkjohnson這個中國人的描述，對他非常好奇。知道康格太太和兒子thomas要來中國過聖誕節，於是就一道來到中國，打算由此再轉道加拿大。
到了美國駐華使館，康格先生單知道孫元起現在任教於京師大學堂或某一所中學，卻也不知道孫元起的具體住處。等了幾日，盧瑟福有些呆不住，只好先去詢問丁韙良先生。丁韙良是個熱心人，而且對物理也興趣盎然，就自告奮勇的領了大家前來。；
說了半晌，孫元起總算明白了大家的來意。盧瑟福在說話間，四下打量了這間屋子，見有幾具簡陋的實驗儀器，很猶豫的問：“這裡是……？”
孫元起也有些尷尬：“京師大學堂正式開學以前，我在一所中學擔任物理老師，所以這間屋子算是我的實驗室，或者說是教室，嗯，一個簡略的instituteofphysicalresearchandteaching……”
盧瑟福疑惑更重：“那您的實驗資料如何得來？”
“實驗資料？你說論文的資料麼？”一轉眼，孫元起便想好了答案，“我在美國的時候，已經完成了實驗，只是沒有一個合理的結論。最近才想到一個符合實驗結果的猜想，方寫出論文來。”
之後，盧瑟福又問了一些物理問題，好在這些答案不需要孫元起杜撰，便一一為他解答。
時近中午，這群不速之客起身告辭。孫元起本想留他們一塊兒吃飯，他們估計看到屋裡只有主人孤家寡人一人，便婉拒了。同時，康格一家和盧瑟福都邀請孫元起在聖誕節前後去使館一趟，盛情之下，只有答應。
盧瑟福的這次來訪，孫元起隨口說出了“iprt”這個名字（instituteofphysicalresearchandteaching，物理研究與教學學會），這個後世最有名的物理學研究機構就在不經意間出現了。它為世人所知，則是在兩個月後的《科學人》雜誌上，一位記者採訪盧瑟福，盧瑟福在介紹最近物理學發展的時候，首先提及iprt的yorkjohnson。它是中國第一個物理學研究所，而盧瑟福則有幸成為“訪問”該所的第一位國際學者。
至於iprt的成立時間，則眾說紛紜，具有代表性的有三家：
一是認為成立於1898年8月16日，也就是孫元起入住該四合院的第一天。持這種說法的，主要是私立經世大學（kingshimuniversity）的校史研究者。他們認為，經世大學的最早實體就是iprt。這樣，他們的校史就比著名的國立北平大學長了那麼幾個月。證據嘛，便是孫元起發表在《science》上的作者單位。
一是認為成立與1898年11月初，這種說法先後出現韓蘧、陳驥德的日記和回憶錄中，因為韓蘧、陳驥德是iprt創辦的當事人，所以他們的觀點為官方所採用。
一是認為成立於1898年12月，也就是國立北平大學成立前後。這種觀點是國立北平大學校史研究會提出的，並一再申明：孫元起發表在《science》