型，即著名的玻爾原子理論。1922年，因對原子結構及原子輻射的研究而獲得諾貝爾物理學獎。當然，玻爾關於電子的“躍遷假設”論述，孫元起並不準備在這個小冊子中講明——因為現在普朗克還沒有提出能量子假說，或許這是下一篇論文“剽竊”的物件——他只准備說一些粗淺的，就像二十一世紀中學物理、化學課本中所敘述的那樣，只有這樣，才能吸引全世界科學家和科學愛好者的注意力。
在這一部分中，主要是論述電子層的“定態假設”：原子核外層電子數應該和原子核正電荷數相符合，但是他們如何排列呢？“根據”門捷列夫的元素週期表，可以“設想”第一層穩態為2個電子，第二層為8個，第三層也是8個，第四、第五層則是18個……原子為了達到穩態，會失去或捕獲電子。失去或捕獲電子能力的大小，決定元素的化學屬性。所謂分子，就是數種元素的原子按照一定方式排布，達到穩態所形成的化合物。而化學反應的本質，也可據此原理來推衍，就是不同的離子組成更穩定的化合物。其後，又並就化學反應方程式、元素化合價等進行討論和總結。
阿倫尼烏斯在1883年開始創立電離學說，解釋溶液中的元素是如何被電解分離的現象。並在1884年以《電解質的導電性研究》論文申請博士，但他宣讀完論文後，教授們“個個怒不可遏”，難以容忍這種“荒謬絕倫”甚至“純粹是空想”的理論。在同克萊夫“激烈辯論”後，他的論文被評為3級，需要再次答辯。後來，他的電離學說才漸漸被學界所接受，但其只解釋了這個現象，並不知道為什麼會這樣。在孫元起的論文中，給出了最根本的解釋。
論文內容在現代人看來，是非常淺顯的，因為這些已經被寫入中學課本，被認為是理所當然的。但對於十九世紀末的科學界，卻不亞於是晴天霹靂，絕對有振聾發聵的效果。
孫元起在寫的時候，主要精力是放在如何表述得明白卻又有理有據，又如何用英文表述。寫完之後，自我感覺是：它不像是科學論文，也不像科幻小說，更像是偵探筆錄。即便如此，孫元起已經感覺非常滿意了。；
就在這時候，盧瑟福已經打點好行李，準備搭乘客輪，穿越太平洋，先到三藩市，然後跨過美國，進入加拿大。孫元起從老佟那裡取了禮物，開啟一看，卻是瓷器、刺繡、紅茶之類，也不知道這樣的禮物合不合適。旁邊的老佟則滿臉得意：
“雖然這是咱第一次給洋鬼子買禮物，我可特意去問了丁韙良丁大人，這些都是他推薦的，一準兒行！瞧著瓷器沒？正宗的景德鎮官窯，個頂個的精美，絕對不掉咱大清的份兒！洋鬼子拿了，沒準兒當做傳家寶呢！再瞧瞧這紅茶，上品祁紅！……”
孫元起只好讚揚了老佟幾句，誇他對大清的“土特產”瞭如指掌。
1月5日早上，洗漱完畢之後拿上禮物和寫好的小冊子，直奔東交民巷的美國公使館。兩份禮物還是很大分量的，所以僱了輛大車。這段日子隔三差五的過來，使館作為的兩國兵丁都混了個面熟，沒有為難，就進去了。康格一家和盧瑟福都在，只是thomas明日就要隨著盧瑟福一起到美國，然後回劍橋，康格一家頗為黯然。
瓷器怕碎，孫元起囑咐車伕把禮物小心的搬下來。外國人向來有先看禮物的習俗，康格先生和盧瑟福也不例外，在邊上觀賞禮物，不停地說“wonderful”“great”，至於有幾分是真心的，那就不知道了。
等禮物搬完了，到客廳裡一起喝咖啡。這時候，孫元起拿出那本新鮮出爐的小冊子，遞給盧瑟福：“您的建議，使我有動力寫出它來，希望您能給出一些建議和批評。”
盧瑟福接過來，先看封面，題目很長。thomas也側過頭來看，輕輕的念道：“從原子、原子結構到元素