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話音剛落，蔡元培便接著補充道：“經教育部決議並報大總統府批准，從即日起，由孫百熙先生出任中央學會會長、會員評選委員會委員長、參議院選舉委員會委員長等職，全權負責中央學會所有事務。孫百熙先生學高身正，品德卓著，素為天下推重。由他來執掌中央學會，銓衡會員、參議員選舉事宜，想來結果必能令諸君信服！”
“好欸！”學生們歡呼道。不過歡呼聲卻較之前小了許多，其間還摻雜著“蔡元培滾出教育部”“歡迎孫先生執掌教育部”之類的不和諧音符。
孫元起明白，能到教育部門口圍追堵截、抗議請願的學生。多半都是沒有互選資格或者處於兩可之間的，眼看其他處於兩可之間或者沒有互選資格的同輩透過各種關係獲得了許可，所謂“不患寡而患不均”。心理失衡之下他們變得義憤填膺怒不可遏，便企圖透過這些抗議行為來發洩自己的不滿，進而取得教育部的退步、承認。
現在由海外名校畢業、曾一手創立中國最高學府、對中國高等教育發展瞭如指掌的孫元起來處理此事，資格認定肯定會從重從嚴，一切鬼蜮伎倆都將無所遁形，他們的願望也將落空。所以他們難免覺得有些失落，歡呼聲自然也小了不少。
又勸慰了片刻。學生們才陸續散去。孫元起有些玩味地看著蔡元培：“孑民兄，你是故意把我誆來這裡的吧？你我兄弟一場，此舉未免有失厚道啊！”
蔡元培嘿嘿笑道：“那你當初推舉愚兄出任教育總長又算不算厚道？”不待孫元起回答。他又正色說道：“百熙，中央學會諸事看似不難，因為通觀全國，符合會員互選條件者也不足十萬人。遠不及地方一府人口；可要想按期完成參議員卻也不容易。面臨的首要難題就是互選資格解釋的困難，不是學會法令規定得不清楚，而是學生們根本不願意聽。剛才學生們抗議的場景你也看見了，要不是今天你在這裡，蔡某肯定難逃一劫。
“接下來是審查畢業證書的困難。清末各省高等學堂所頒畢業文憑，率由各省自己印製填寫，上面只有學堂、提學使關防，並無學生照片。塗改仿造極為容易；若是冒名頂替，一時間亦無從查驗；如果學歷文憑證書因為兵災水火不慎遺失損毀。或此時不在身邊，恐怕也難以補辦。此外，還要提防各省政府為爭取本地名額，故意串通學堂作假。
“再者是選舉造冊的困難，從地方收繳驗證文憑，到遞交教育部審查，再到中央學會登記造冊、返還文憑，手續繁雜，工作量大，除非有大批人手一起處理，否則很容易造成各種資料堆積如山，難以措手。而且工作中稍有紕漏就會釀成糾紛，然而期間紕漏必定不少，比如文憑在寄送過程中丟失、登記造冊中漏掉一些人等。如果中間再有人故意挑撥生事，只怕難以善終。
“還有杜絕舞弊的困難。各省必須接到選舉名冊及選票才能進行選舉，互選之後必須等到各省選票匯總至中央學會才能確定會員名單，在此過程中到處都是上下其手的機會，讓你防不勝防。一方面是困難重重，一方面又時間緊迫，從現在到國會召開不到四個月時間，稍微拖延便會功敗垂成。所以還請百熙從大局考慮，儘快著手，早些完成！”
孫元起知道事態嚴重，對於中央學會的職務任命也就沒再多加推辭。他向蔡元培稍稍瞭解中央學會前期工作進展之後，迅速返回經世大學，與經世大學教育系、中國政策研究院、中國科學技術學會等單位人員就中央學會的定位、架構及選舉事宜進行了長達一週的磋商探討。就在蔡元培和請願學生快要失去耐心的時候，他向教育部提交了包括《中央學會章程》、《中央學會會員互選細則》、《中央學會參議員選舉辦法》在內的一系列檔案。
在這些檔案中，孫元起首先將中央學會定義為虛體的學術機構