濟南支部的組織機構如下：庶務班負責支部的管理、對外聯絡等業務。
衛生材料班負責配備、供應各種器材、藥品和消耗品。
計劃班根據日軍的作戰要求，制定支部工作計劃。
衛生研究班負責化學實驗以及當地衛生學的各項研究和有關毒氣研究。
給水鑿井班負責野戰及駐地的水質檢查、飲用水滅菌、用水消毒以及開鑿野戰用井及戰鬥部隊給水業務。
防疫班負責細菌檢查、預防接種以及其他預防瘟疫等業務。
毒菌製造班負責研究製造細菌戰用的各種瘟疫毒菌。
經理班籌集支部所需物資，負責工作、給養等業務。
這些支部都是為了滿足日本急欲迅速征服中國的需要，為瞭解決細菌戰劑不便運輸這一難題於1938年之後在中國各地陸續建立起來的。它們是主要細菌戰部隊的補充，是日本侵略中國的工具。
第一章侵華日軍細菌戰部隊：第七節第8604部隊 [本章字數：1034 最新更新時間：2009-07-09 16:41:590]
駐紮在廣州的南支那防疫給水部，是日本1939年前後在中國建立的三大細菌戰部隊之一。其代號為波字或海浪第8604部隊，對外稱南支那派遣軍防疫給水部隊，與1644部隊、1855部隊一起同屬於日本陸軍參謀本部第9技術研究所(登戶研究所)所轄的謀略(暗殺)部隊，不是一般的防疫給水部隊，而是一支細菌戰部隊。
該部隊設立於廣州市中山二路的中山大學醫學院(現為中山醫科大學)及其附屬醫院內。部隊的編制員額為1200人，並在華南的大中城市設立了12個支部。部隊長先後由田中嚴大佐，佐佐木高行中佐，佐藤俊二大佐和龜澤鹿郎大佐出任。
其中佐藤俊二於1940年12月至1943年2月擔任了3年部隊長。他於1931年就主張使用細菌戰，1936年又支援建立第731細菌戰部隊，深受石井四郎的賞識，先後被石井推薦擔任廣州和南京的防疫給水部隊並任職長達四年之久，是石井式的第二號人物，多次立功受獎，獲得過&ldo;旭日&rdo;和&ldo;金雞&rdo;勳章並晉升為中將。戰後佐藤俊二被俘在蘇聯伯力受審時，只談了初到南京的事，對在廣州的事隻字不談，而法庭未加追究是一個很大的失誤，因此廣州的細菌戰問題一直是個空白。直至1994年，當時在8604部隊服役的隊員丸山茂，發表了《不管以什麼名義，走向戰爭是罪惡》‐文，暴露了廣州細菌戰實情。廣東社會科學院歷史研究所的沙東迅教授根據丸山的文章進行考證和核實，發表了《揭開&ldo;8604&rdo;之謎》一書，從而揭開了蒙在廣州波字8604細菌戰部隊之上的迷霧，使部分真相大白於天下。
根據丸山的文章及沙東訊的考證，波字第8604部隊的組織體系如下：本部下設六個處。其中專業將佐100人（不包括兵區醫院的人數）。
總務處負責後勤保障、人事、財務管理。處長是熊倉少佐。
第1處是細菌研究處，處長是溝口軍醫少佐。本處下設庶務班、研究班、檢驗班(主任：佐藤大尉)、培養基班、消毒班和動物班。共約80人，其中將佐官10人，中國勞工7人。
第2處負責防疫給水研究，處長是江口衛生少佐。
第3處研究各種傳染病的治療。處長是小口軍醫少佐。
第4處從事鼠疫菌培養和病理解剖，處長是渡邊軍醫中佐。
第5處是器材供應部門。
其本部、部隊長室、總務處、第1處、瘧疾研究室、動物室均在現中山醫科大學圖書館舊樓(兩層，另有地下室或稱地庫)的地方