之後，日軍繼續採用不損害己方的方法，又實施了多次細菌戰。但由於中國政府的譴責，10月2日起停止了用飛機投播。
這天的《井本日記》中記載，關於細菌作戰，&ldo;副參謀總長來電，指示目前停止用飛機實施&rdo;，副參謀總長下達了暫時停止使用的指示。
10月5日，增田大佐就浙贛作戰寫了《地面實施實況》的報告，報告說&ldo;鼠疫菌首先成功地在衢縣將傷寒菌投入井中，當是成功(溶解於水中)&rdo;。所以可以判斷：細菌戰部隊播撒鼠疫菌、在衢縣的井中投放傷寒菌，基本是成功的。
由於日軍實行這種&ldo;謀略細菌戰&rdo;，使中國軍民深受其害。
衢州繼1940年遭受日軍細菌攻擊之後，此次再次深受細菌之害。日軍從衢州撤退時，再次散佈細菌。這一次從陸上散佈鼠疫菌、赤痢菌、傷寒菌、霍亂菌等，致使衢州一帶再次流行傳染病，鼠疫的蔓延尤其顯著，衢州及其附近13村死者達2000人。
據這3年統計，在衢州，全家人死於鼠疫的有17家，死3口人的20家，死2口人的39家。在此以後，鼠疫流行不衰，疫區擴大至常山、遊龍、江山的部分地區，連續發病達4年之久。
在此期間，衢州的防疫活動，不僅有地方、中央的防疫隊、衛生處全力以赴，聯合國救濟總署、國際紅十字會也給予了極大的幫助，到1948年總算控制了鼠疫在該地的蔓延。
在江山地區及其周圍，日軍把有毒之物放入食物之中，毒死了很多人。家住江山市的鄭蓮妹說：&ldo;1942年8月，日軍撤退時在路旁放了一個裝有很多月餅的竹籃子，而且裝成一時疏忽忘了拿走的樣子。村裡人當時缺吃少穿，把月餅拿去吃了。我的叔叔也拿來兩塊，叔叔和我母親分吃一塊，把另一塊分給弟弟和我。我覺得那月餅有怪味，沒吃，可是三個吃月餅的人，當天夜裡一個接一個都病倒了，他們說肚子疼，特別是不住地瀉肚、嘔吐，以至於脫水，第二天傍晚，母親受盡病魔的折磨之後去世，叔叔和弟弟也相繼死去。當時這個村子裡吃月餅的有25人，其中死的有十多個。當時村裡的人就說這是日軍毒死的。&rdo;與鄭蓮妹一樣，賴清泉說：&ldo;1942年8月中旬，日軍從江山撤退的時候，指使中國人狗腿子在江山的街上給中國人分發飯糰。那時我母親正好上街，把飯糰拿來，給三個孩子吃了。這三個孩子都是我的弟弟(雙蘭，9歲；雙洋，7歲；方姜，4歲)，沒過多久，他們都病倒了，他們不住地瀉肚，嘔吐，到頭來都死了。那時我去給日軍幹活，沒在家。母親把飯糰都給孩子們吃了，自己吃得很少，所以倖免一死，活下來了。&rdo;據瞭解，路陳村周圍大約有10個村子，居住著80來戶人家，其中死於有毒月餅的人竟達80人。
義烏縣崇山村全村380多戶人家，因被傳染鼠疫而死的就有320多人，全家死光的就有30戶左右。1991年，64歲的王勇良回憶說，1942年10月上旬，日軍飛機由西而來，尾部撒下了白煙，落到村裡。不久老鼠大量死亡。接著許多人發病，口吐白沫或咯血而死。最多一天死者超過20人。他的父母、四個弟弟和叔叔嬸嬸都死了。母親臨死前一個勁地嚷著要水喝，其狀慘不忍睹。市防疫站退休醫師王達，解放後曾對日軍在崇山村進行細菌人體試驗情況作過全面調查，得知，鼠疫在崇山村流行兩個月，全村發病391人，死386人，有19戶死絕，天天有死人，日日有哭聲。日軍還在崇山村進行了大規模的人體實驗。他們打著免費治療的幌子，把鼠疫患者誘騙到離村一公里的佛教寺院林山寺關押禁閉，並進行活體解剖。有的農民得知真相後拒絕到林山寺接受&ldo;免費治療&rdo;，日軍又進村到處