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美術作品，“飛雲”艦在馬江海戰中重創起火的景象。創作：海軍史研究會顧偉欣。
馬江江面盡是中國軍艦的殘骸和落水待救的官兵，火焰中，船政艦隊幾乎全軍覆沒。
馬江海戰過後，整個中國朝廷都在痛思如何才能建設有效的海防，第二次海防大籌議又轟轟烈烈開始。可能現代人很難預料，主政中國的慈禧太后此時突然諭令船政，要求設法打撈沉船。從至今尚存的關於打撈馬江沉船的歷史檔案中，我們能夠驚異地看到慈禧用十分工整用力的筆法，每每都是寫出上百字的硃批，其內容甚至都涉及到了打撈的具體技術層面，直接詢問在今人來看尚屬十分繁瑣莫測的潛水工程事務。在慈禧太后一手催令下，船政立刻開始了馬江沉船的探摸、打撈和修復工程。
經張佩綸主持經理，至1884年10月，透過僱用沿海善於泅水的漁民，土法上馬，陸續打撈出沉沒蒸汽軍艦上的24門艦炮，沉沒師船上的12門舊式土炮，以及包括“琛航”艦煙囪在內的一些零星船用配件。同時，各艘沉船的基本情況也探摸清楚。
“琛航”艦在馬江海戰中被法艦重創，這張拍攝於戰後的照片中可以看到“琛航”側沉的位置在船政拖船塢附近，岸上那座屋頂中央有兩根菸囪的房子就是拖船塢的拖船機器房。
五艘“伏波”級軍艦中，“琛航”側沉約6。4米，艦首已經被泥沙掩埋。“飛雲”艦也是船頭被江泥湮沒，但是船尾還部分露出水面，二艦沉沒位置水深較淺，“不難起獲”。“伏波”艦在淺水擱淺，只要修理就能恢復使用。而“濟安”艦沉沒位置水深將近40米，難以打撈，“永保”則被焚燬，無從恢復。對於打撈辦法，船政制定了一套打撈方案，即用兩艘浮力大於沉船的船隻作為浮船，裝水滿載後停泊到沉船左右，用大鐵鏈、纜繩等與沉船繫結。然後抽去浮船內的載水，隨著浮船吃水變淺，沉船便會隨之上浮。如此再將沉船帶往水淺處，浮船重新注水後再與沉船綁連，而後再抽水起浮，如此往復，直到沉船的艙面露出水面，則立刻用潛水員下水補漏，再用抽水機抽去沉船內的積水，打撈的方法與現代的沉箱打撈原理完全相同。（34）
馬江海戰中管駕“伏波”艦的呂文經雖然此後因為完全屬於誣陷的海戰中的退卻嫌疑而被革職，但是此時則作為熟諳洋務、精通西方語言的幹員，仍被派赴香港僱用潛水員和訂購潛水裝備，擔負了部分打撈的具體技術工作。值得一提的是，馬江之戰後，呂文經還曾擔任過一個和他的身世一樣具有傳奇色彩的任務，管帶僱用的英國商船來往海峽，偵察法軍情況，聯絡兩岸通訊。他的商船曾有一次被法國軍艦捕獲，面對法軍審問，銬押在法國軍艦上的呂文經絕口不認，最後法軍未能發現馬腳遂釋放了事。
1885年3月1日，新任船政大臣裴蔭森上奏清廷，稱“伏波”艦已經修竣，由於船政的拖船塢被法國軍艦擊壞，修理工程是在馬尾的英商船塢完成，作為這級軍艦首艦的“伏波”成為戰後再生的第一艘“伏波”級軍艦。（35）當時為了防禦閩江口，船政緊急建造了30艘平底躉船，裝備用來裝石沉入江中阻塞航道。這種沒有動力的躉船恰好成了打撈用浮船的最好人選。裴蔭森呼叫了六艘躉船，首先打撈“琛航”。根據記載，最遲在當年6月前“琛航”即打撈出水，又經過一段時間的修理整飭後，恢復使用。而“飛雲”艦則在“琛航”打撈時，同