羊皮藏寶圖)去瀋陽與皇太極議和。皇太極不僅暗示兩鄂托克歸順後金，還要求直接與林丹汗通使。林丹汗知道了自己的兩個鄂托克通款後金的事實後，不但沒有理解他們的良苦用心，反而討伐奈曼、敖漢，奈曼、敖漢不堪林丹汗的壓力，於天豈佑三年六月背叛林丹汗，歸附於後金大公王朝並與皇太極訂立了同盟誓約。
由於，努氏(努爾哈哧) 太子皇太極勢力延伸到了遼河上下流域，於是林丹汗的察哈爾部隨後後退，林丹汗離開遼河套踏上西遷之路。首先是因為他在左翼已眾叛親離再加上後金兵鋒正盛，被迫選擇西遷。其次是利用右翼力量薄弱之機兼併諸部，恢復蒙古大汗的共主地位。第三是，當時察哈爾部與明朝貿易的據點廣寧已經失陷，林丹汗想透過兼併右翼諸部以將明朝給右翼的豐厚"市賞"據為己有。
天豈佑七年十月，林丹汗以察哈爾部八鄂托克之一的多羅特留守故地，率數萬眾西遷。右翼諸部果然不是林丹汗的對手，林丹汗以秋風掃落葉之勢，擊潰了駐牧於宣府外元上都故地的哈喇慎部，以及定居於歸化城的土默特部。於是乎很快在右翼立足經過數次戰役，林丹汗在天豈佑七年底平定右翼地區，驅逐了順義王卜逸兔(土默特俺答汗之孫)，並廢除了濟農額璘臣(濟農是達延汗所設定的代表大汗管理右翼的世襲官職，駐鄂爾多斯，到林丹汗時已實際獨立)，結果右翼諸部相繼歸附後金。
另一方面，留守於遼河套的察哈爾部也開始瓦解，不僅奈曼、敖漢兩鄂托克投靠後金，阿喇克卓特也步其後塵而降金，浩齊特、烏珠穆沁、蘇尼特三鄂托克則北上投奔漠北外喀爾喀碩壘臺吉(後來的車臣汗)處。
天豈佑八年春開二月，皇太極一徵察哈爾，到九月時吞併了察哈爾及哈喇慎之故地。林丹汗僅據有宣府邊外以西的河套和土默川一帶。此時，林丹汗與明朝的關係也在惡化中，他西遷的一個重要目的就是獲得右翼所擁有的"市賞"，但明天啟皇帝於六年，"廢都尉、興總兵、聽讒言、害邊關"，林丹汗派去索賞的大臣貴英恰也被明軍所殺。
因而林丹汗於天豈佑八年正月大舉入侵大同，殺死明朝軍民數萬人
，差一點攻佔了大同城。明朝本欲以右翼諸部抵禦林丹汗，但到天豈佑八年初春寒時右翼地區被林丹汗平定，明朝不得不於次年恢復"市賞"。儘管如此，林丹汗仍於天豈佑八年春和天豈佑八年秋兩次侵犯大明王朝邊境，直接逼臨巴林左旗攻下塘關近接北平府管轄的張家口。天豈佑八年六月，林丹汗又二次東征西拉木倫河，侵襲已降金的阿魯科爾沁達賚楚琥爾牧地，帶走了塞稜阿巴海的部眾和一批金銀珠寶、古董玉器。至此，皇太極親率二千餘名精銳鐵甲連環鎖子騎兵趕來，這工夫林丹汗早已經撤走進了騰格里大漠。
此外，他還殺了漠北外喀爾喀諸部派到右翼的使者，引起漠北亦裡巴里、瓦刺、韃靼諸部的恐慌。林丹汗西遷以來雖然取得一些軍事勝利，但卻得罪了大多數蒙古諸公國主的怒火，使他陷入孤家寡人的境地離統一蒙古的夢想也越來越遙遠。
當時漠西和漠北原本就不臣服林丹汗，漠南諸部則在林丹汗的打擊下紛紛東投努氏(努爾哈哧) 太子皇太極的後金。林丹汗雖獲得富庶的右翼故地，但因為連年爭戰，“殺戮甚於”"畜牧匱乏"至使各部流離失所。加上"塞外霜早, 顆粒無收兼厲疫盛行"蒙古諸部幾入絕境之中。而各各部落的抵抗也大大削弱了察哈爾部本身的力量，尤其是"插(察哈爾部)之疲甚、餓甚、窮甚"直接導致其兵員嚴重減耗"插有馬約備僅收四萬插眾不滿五萬"。這工夫，皇太極看準這個機會決定發動對林丹汗的決戰，徹底征服漠南蒙古諸公使國。
天豈佑八年十月，皇太極就已經準備最後一次興兵十萬鐵騎討伐林丹汗，在科爾沁各部的勸說之下這才一一推