也許最早的，也是最直接的使用菸草的方法就是咀嚼菸草了。把熏製好的菸草葉子加上鹽或者灰，做成小球狀或者卷狀，然後塞進使用者的臉頰內部或者嘴唇下方。這樣汁液就溶解在了唾液中，流入咀嚼者的喉嚨。咀嚼菸草可以是為了消遣，也可以是為了施巫術。還有一個複雜一些的使用方法就是在一種茶中飲用菸草。菸草葉子被煮沸或者浸泡在水中，變成可以透過鼻子或者嘴來飲用的飲料。這是巫師們常用的一種方法，因為可以透過調整飲料的濃度來釋放他們所需要的劑量。這種在茶中使用菸草的方法的起源是十分重要的。例如，阿卡瓦（Acawaio）人會到一個特別的小溪去採集一種名為“山神”（Mountain Spirit）的菸草，這種菸草浸在溪水中，效力大增。飲用菸草時，還可以在飲料中加入其他的麻醉品。我們注意到，巫師們有時會加入少量的從一位已經死亡的巫師身上收集到的液體。一位合格巫師的茶中常常還新增有其他的可以引起幻覺的植物汁液。在最初成為巫師的儀式上，他們要大量飲用菸草，這會導致嘔吐、麻痺，有時甚至是死亡。即使是現在，飲用菸草的人仍然認為這種飲料是有魔力的。馬什科（Mashco）部落的獵人們在與他們即將要殺死的狩獵動物進行交流的時候也要飲用菸草。一些部落的獵人為了能夠幫助他們在黑暗中看清楚，還把菸草汁當作滴眼液來使用。有些時候，獵狗們也能得到這樣的優待。
菸草茶還可以用灌腸的方式透過肛門來使用。這種方法要用到一段空心的莖或骨頭，或者把動物的皮做成球形，用骨頭或者蘆葦做管口。人們在一個哥倫比亞巫師的墳墓中發現了這種東西，這個早期的例子大約是在公元500年的時候。用菸草做的灌腸劑既有藥用又有宗教的目的。比如，阿瓜拉納（Aguarana）部落使用這種灌腸劑來保護新的巫師，使他們在進行啟蒙儀式的時候可以免遭美洲虎的攻擊。還有一種不同的飲用菸草的方法就是舔食菸草，這種方法流行於南美的一些文明中。這需要將菸草茶煮沸成為一種叫做ambil的汁或者醬。有時，還會加上些鹼鹽，如果再加上樹薯澱粉，這種汁就變得濃稠了。在使用時，可以用樹枝或者手指蘸一點這種醬，把它塗到齒齦上。它們常被裝在一個小罐子裡，掛在信徒的脖子上。
比舔食菸草普遍得多的方式是用鼻子吸菸草，這種方式只存在於美洲。吸鼻菸需要將醃製好的菸草葉子乾燥、烘烤並研磨成粉狀，再將合成的粉末裝入葫蘆或者葫蘆瓶中。其他的植物，特別是古柯（ coca，南美及西印度群島所產的一種藥用植物）也常和菸草一起用來吸鼻菸。在紙幣產生以前，吹入器（吸鼻菸的裝置）被做成各種各樣的形狀。最簡單的一種是由一根中空的蘆葦或者骨頭構成的，使用的時候插入一個鼻孔中。Y形的設計很常見，這種設計可以讓人只往一根管子中吸氣，而另一根保持在鼻孔上方，或者同時從兩根管子吸氣，提高吸入的煙量。一些部落用加長的吹入器互相吹入對方的鼻子中，以此來加速鼻菸的麻醉效果。對於印加人來說，吸鼻菸是使用菸草的首選方法。非凡的印加文明在16世紀的時候消亡在了西班牙人的手中，這一文明是由半人半神的首領以共產的形式統治的，並以浩大的築路工程而聞名於世。
南美人使用菸草的最普通的方法就是吸菸草了。他們通常吸雪茄或者一種簡單形式的香菸，這種香菸就是把熏製好的菸草裹在芭蕉葉或者玉米皮裡來吸。吸菸這一行為不僅僅是使用菸草的一種方法，而且是整個宗教儀式不可缺少的一部分。巫師們使用菸草來治病和祈福，還把它當作一種食物來滋養引導他們的靈魂。巫師們認為他們透過啟蒙儀式可以進入靈魂世界，在那兒他們把菸草當作食物提供給靈魂，從而得到治癒疾病等等的