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工作累了，周作人便獨自摸骨牌消遣，通常是玩“過五關”。後來兒子周豐一學會二來，便從父親處將骨牌討了去，用鋼筆在裝骨牌的名片匣子上註明：“這原是祖母的紀念品。”周作人看到兒子寫的字後，重新貼上紙條更正道：“這是曾祖母的遺物。”孫輩們便笑道：“那麼這該是咱們的傳家寶嘍。”
1965年，周作人在給鮑耀明的信中說：“知海外報刊時常提及鄙人，無論是稱讚或罵，都很可感，因為這比默殺好得多。”
周作人的遺囑如是說：“餘今年已整八十歲。死無遺恨，姑留一言以為身後治事之指標。爾死後即付火葬或延例留骨灰，亦隨便埋卻，人死聲銷跡滅最是理想。餘一生文字無足稱道，惟暮年所譯希臘對話是五十年來的心願，識者當自知之。”
羽太信子患病期間，為了給妻子籌集藥費，周作人將記載了68年的日記賣給魯迅博物館。
1966年8月22日，一群紅衛兵衝進八道灣，砸了周母的牌位（魯迅博物館中，同一位母親的巨幅遺照受到了萬眾敬仰）。24日早晨，紅衛兵宣佈對周作人實行“無產階級專政”，將他住的日式榻榻米的臥室砸爛，全家被洗劫一空，房子被查封。紅衛兵讓周作人跪在地上接受批鬥，用手中的皮帶不斷抽打他，讓他老實交待罪行。周豐一也被揪來陪鬥，紅衛兵綁住他的雙手，將他推倒在地，連踢帶打。他的衣衫浸滿血跡，人被打暈過去，被大雨澆醒過來，再鬥再打，不讓他有一刻喘息的機會。一個紅衛兵還把周豐一的手錶掠下來帶在自己手上。風燭殘年的周作人跪在一旁目睹兒子捱打，嚇得暈倒在地。
接著，紅衛兵命令周作人穿著黑色布衣，身上掛上寫著他名字的白布條，任憑人們在窗外觀看和辱罵。紅衛兵又將周作人等專政物件集合起來遊街示眾。周作人脖子上掛著沉重的大牌子，面無人色，無力行走，只能跪在地上邊呻吟邊爬行。
這年8月23日夜，周作人寫下最後一篇日記：“晴。二十二度。上午閱毛澤東論文藝，下午吉宜為寄耀辰信又件，內春信等三冊。”
周作人被抄家後，魯迅博物館的工作人員葉淑穗等人去看望了他：“當我們走進他被關的小棚子裡時，眼前呈現的一切確實是慘不忍睹。昔日衣帽整齊的周作人，今日卻睡在搭在地上的木板上，臉色蒼白，身穿一件黑布衣，衣服上釘著一個白色的布條，上面寫著他的名字。此時，他似睡非睡，痛苦地呻吟著，看上去已無力站起來了，而且幾個惡狠狠的紅衛兵卻拿著皮帶用力地抽打他，叫他起來。看到這種情景，我們還能說什麼呢？只好趕快離開……”
周家的房子被封，後罩房正對著的“老虎尾巴”被紅衛兵佔領，用於監視周氏一家，周作人只能蜷縮在後罩房的屋簷下，過了三天三夜。周家的老保姆悄悄做點食物，給他們送過去。天下起雨來，周作人的兒媳張菼芳硬著頭皮去央求紅衛兵道：“我們也不能老呆在露天底下呀，好歹給我們個安身的地方吧。”這樣，周作人才被允許睡在自家的澡堂裡。半個月後，張菼芳再次向紅衛兵求情，這次總算在漏雨的小廚房的北角為老公公東拼西湊搭了個鋪板床，讓他臥在上面。
紅衛兵為周家規定了生活標準：老保姆15元，周作人10元。他們告訴糧店，只允許周家買粗糧。周作人一日三餐只能就著臭豆腐喝點玉米麵糊糊。由於營養不良，又整日被囚禁在小屋裡，他的雙腿很快就浮腫了。張菼芳只能到藥鋪買點維生素片，等紅衛兵熟睡後，偷偷塞給周作人，周感激地堆兒媳說：“我還不如早點死掉算啦，免得這麼連累你們。”
到九、十月間，周作人兩次寫“呈文”，讓兒媳偷偷交給派出所。兩份呈文內容都很短，大意為：共產黨素來是最講究革命人道主義的。鄙人已年過八旬，再延長壽命，也只