文革期間，熊十力對“左”的一套極為反感，卻又無可奈何。他晚年為自己訂有“三戒”：不出門、不會客、不寫信，衰年求靜，聊以卒歲。在萬般悲苦中，他曾作一聯寄友人：“衰年心事如雪窖，姜齋千載是同參。”
後來，由於抄家、批判等變故，熊十力精神有些錯亂，不斷給中央領導寫信，還經常寫很多紙條貼在褲子上、衣帽上、門窗上，連褲襪之上，都寫著對“文革”的抗議。為此他常常在街上遭人圍攻，他卻依然我行我素。
1966年夏，當熊十力在《人民日報》上看到《橫掃一切牛鬼蛇神》一文時，傷感至極。他不斷地給中央領導人寫信，硬讓家人寄出去，還經常寫很多小紙條，甚至在褲子上，襪子上都寫著對“文革”的抗議。他常常穿著一件褪了色的友布長衫，釦子全無，腰間胡亂地扎一根麻繩，獨自一人到街上去或公園裡，跌跌撞撞，雙淚長流，口中唸唸有詞“中國文化亡了！中國文化亡了！”直到實在走不動了，才坐到地上休息。這時，悄悄尾隨於後的小女婿（熊再光的丈夫彭亮生）才敢露面（熊十力不讓家人跟著他出來），攙扶著他，慢慢地走回家去。
1968年，熊十力在家曾絕粒求死，後改為減食，以求速死。但此時他在仍不停地寫書，寫了又毀，毀了又寫。春夏之交，熊十力又患肺炎，病後不肯服藥，送醫院前已發高燒。在虹口醫院治療後基本好轉，但他習慣於一清早開窗，又患感冒。由於他病體衰弱，心力衰竭，搶救不及，於5月23日上午九時與世長辭，終年八十四歲。
熊十力先生逝世這年，身居臺島的牟宗三似有感應，在這年的三月寫了一篇懷念老師的文章，他在文中深情地說：“我常瞻望北天，喃喃祝問：‘夫子得無恙乎？’他住在上海，究竟能不能安居樂業呢？今已八十多歲，究竟能不能還和當年那樣自由講學、自由思考呢？我們皆不得而知……”
【傳承】
熊十力的全部工作，簡要地說，就是面對西學的衝擊，在儒學價值系統崩壞的時代，重建儒學的本體論，重建人的道德自我，重建中國文化的主體性。他的學生唐君毅、牟宗三、徐復觀正是在他的精神感召之下，沿著他開創的精神方向和他奠立的形上基礎而加以發皇、擴充套件、深化、揚棄的。學界把他們師弟視為現代新儒學思潮的中堅。
牟宗三與唐君毅，徐復觀同為熊十力的三大弟子，但要數牟宗三跟隨熊十力的時間最久，受教也最多。
牟宗三曾說：生我者父母，教我者熊師，知我者君毅兄（唐君毅）也。
吳森先生評論說：從牟氏自述學思的經過，影響他一生為學及思想最大的是熊十力先生。從熊先生的學術和人格里他才體會到生命和價值的意義。沒有熊先生的啟發，牟氏可能一輩子治邏輯及認識論而不會折返儒家的道路。這大轉變，就像聖保羅的歸於基督。保羅後來成為教會的殉難者。牟氏也成為現代儒家思想的一大支柱。這種走曲折險阻而成功的路，在現代中國的思想界，似乎未有第二個例子。
牟宗三對熊十力哲學及其以前的中國哲學作了批判地繼承。牟宗三所繼承的不是熊十力的哲學系統，而是熊十力的哲學精神。熊十力從生命格範與哲學精神上極大地開啟了牟宗三；牟宗三在生命格範與哲學智慧上繼承、高揚、拓展和推進了熊十力。
熊十力有二女一子：長女幼光，在北京航空學院退休，次女是再光，現在上海居住。其子世菩，曾就讀西南聯大，後在上海船舶研究所任職，已去世。其子有二子二女，兩女孩名分別為“原”、“儒”。而二子各育一女，命名又為“明心”、“明宗”；也是後輩對老人的紀念。據說其曾孫女熊明心是上海復旦哲學系碩士生，免試推薦去德國讀書。
【敬譽】
蔡元培稱熊氏乃