分親往致哀，家屬訂於9月26日在臺北舉行公祭，沒想到子女親屬奔喪卻又引發風波。錢穆生有三子二女，但皆在大陸。1990年9月2日，得知父親去世的訊息，次子錢行、三子錢遜，長女錢易、幼女錢輝遂申請赴臺奔喪（長子錢拙於20世紀80年代患癌症去世），參加9月26日在臺北舉行的公祭。但由於兩岸關係的原因，遭到拒絕。臺灣當局甚至以“公開宣佈脫離共產黨”為條件要挾錢穆的胞侄錢偉長（全國人大副委員長）。無奈之下，錢氏子侄只好趕赴香港，參加9月30日在香港新亞書院舉行的公祭。
錢穆死前曾有遺囑：如果人不能回去（指回到大陸故鄉），也要葬回去。為了完成錢穆魂歸故里的遺願，錢夫人胡美琦將丈夫的靈骨一直安放在臺北永明寺，等待著歸葬大陸。
錢穆為江蘇無錫人，他逝後，骨灰被送回家鄉安葬，實現了他迴歸故土的遺願。
1991年兩岸關係終於開始鬆動。1992年1月6日，胡美琦在素書樓弟子辛意雲先生和邵世光小姐（曾任錢穆的秘書）的陪同下，護送靈骨由臺北經香港飛上海，於傍晚到達蘇州。
1月8日，在靈巖山寺做了一天安魂法會。當晚，靈骨被運到西山入室。天氣時晴時雨。
1月9日，是既定的安葬日期。天從人願，終於放晴了。葬禮於上午11時正式開始。墓中的隨葬品是一包書。錢穆一生著述54部，計1700多萬字，這包書是從這些著作中選出的14種。葬儀以傳統家祭禮儀舉行。
參加葬禮的孫輩，除了孫女婉約外，都沒有見過祖父（外祖父）。胡美琦特意安排辛意雲給錢氏子孫講述錢穆的為人與學術。
至此，錢穆先生歸葬於太湖西山之俞家渡石皮山。
錢穆去世後，錢夫人及二三門人蒐集、整理的一千七百萬言之《錢賓四先生全集》三編（甲編：思想學術，乙編：文史學術，丙編：文化論述）五十四巨冊，1994年～1997年由臺北聯經出版公司出版。
【評說】
中國學術界尊錢先生為“一代儒宗”。更有學者謂其為中國最後一位士大夫、國學宗師。
余英時說：“錢先生自《國史大綱》起才公開討論中西文化問題。他以鮮明的民族文化的立場表明了他在學問上的‘宗主’”
蒙文通評價錢穆：君書體大思精，惟當於三百年前顧亭林諸老輩中求其倫比。乾嘉以來，少其匹矣。
後人品評錢穆，見仁見智，或貶其“迂腐得自成一家”，或贊其“真有一分為往聖繼絕學的氣魄”。
劉夢溪在一篇介紹中國現代史學家的文章裡說，錢穆先生是“文化史學集大成者”，並且“國學大師之名，章太炎之後，惟錢穆當之無愧”。
晚年，錢穆與林語堂比鄰而居，英文造詣深厚的林語堂說，看過錢穆的《中國近三百年學術史》，讓他決定從此改用中文著作。
楊聯升對錢穆極為推重，他說：“錢先生的中國學術思想史博大精深，並世無人能出其右，”認為錢之《朱子新學案》提綱，“胡適之恐怕是寫不出來的。”
徐復觀批判錢穆的歷史觀，是“良知的迷惘”。
錢穆去世時，錢偉長輓聯雲：“生我者父母，幼我者賢叔，舊事數從頭，感念深恩寧有盡；從公為老師，在家為尊長，今朝俱往矣，緬懷遺範不勝悲。”
耶魯大學授予錢穆名譽博士學位時的頌詞：你是一個古老文化的代表者和監護人，你把東方的智慧帶出了樊籠，來充實自由世界。
殷海光評價錢穆：“……他們全然是一群在朦朧的斜陽古道上漫步的人。他們的結論是輕而易舉的從廟堂裡或名人言論裡搬出來的，他們的古典是不敢（也從未曾）和弗洛伊德、達爾文碰頭的。……他們基本的