在擔任湖北提學使之後，開始有意識地加強工業技術人才的培養，先後建立了湖北高等工業學堂、水木工業學校等技術類院校，開辦一大批諸如車輛工程、金屬材料加工、工業設計、冶金工程、採礦工程、兵工技術等有利於國計民生的技術類專業，有力緩解了漢陽鐵廠、北平鐵廠、中華工業機械公司等企業對技術人才的需求。然而遠水解不了近渴，湖北高等工業學堂、水木工業學校等院校培養的學生連近在咫尺的湖北、京師、直隸都滿足不了，哪有餘力來援助川、陝、甘三省？
孫元起記得兩句古訓：磨刀不誤砍柴工；十年樹木百年樹人。所以儘管心裡著急籌建工廠，而且不遠的將來甚至會面臨資金短缺，他還是決定先抽幾天整頓一下四川的高等教育格局。
這裡要特別說明一下，清末民初的高等教育不能等同於現在的高等教育。那時候教育水平相對低下，教育制度很大程度上是剿襲日本，所謂的“高等學堂”、“高等學校”只相當於現在的高中或中專。——當然，現在日本的高中還叫“高等學校”。——那時候真正意義上的大學僅有京師大學堂、北洋大學堂等寥寥幾所而已。
即便教學內容僅僅相當於現在的高中水平，在此刻的四川也沒有幾所。
就孫元起所知，現在四川的最高學府是光緒二十八年（1902）由四川中西學堂、尊經院合併而成的四川省城高等學堂（現四川大學前身），其次是光緒三十一年（1905）創立的四川通省師範學堂。接下來是所謂的“五大專門學堂”，即四川法政學堂（1905）、四川通省農政學堂（1906，現四川農業大學前身）、四川藏文學堂（1906）、四川高等工業學堂（1908）、四川存古學堂（1910），此外還有四川高等巡警學堂（1909）、四川武備學堂（1902）等。這些學校一起構成了清末四川高等教育的主要陣容。雖然水平不高，但門類齊全。
對於如何整頓學校，孫元起在湖北時已經實戰過一次，可謂行家裡手。此次以總督之威駕輕車就熟路，更是得心應手。
首先，他對學校裡面的老師進行裁汰，不合格的一律清退遣散，有空缺則由經世大學畢業生前來補齊；
其次對學生進行甄別，根據實際水平重新劃定年級；
第三，根據各個學校的特色，重新設定專業、安排課時、選擇教材，其中高等工業學堂更是調整的重中之重；
第四，把位於成都城內的通省師範學堂、法政學堂、高等工業學堂等學校全部遷到城外新劃定的高教園區；
第五，把高等巡警學堂、武備學堂、陸軍小學堂等軍事性質的院校合併成四川陸軍軍官學校，孫元起自任校長，一方面招收中學生入學教育，一方面對軍隊中的各級軍官展開培訓；
……
經過整頓，整個四川的高等教育局面頓時煥然一新。如果不是手裡資金有限，孫元起甚至準備對基礎教育下手，在川、陝、甘普及推廣五年義務教育。不過他已經預謀在三年以後，也就是一戰爆發那一年，那時候自己也該賺得盤滿缽滿了，就把這個理想付諸實踐。
忙忙碌碌中，時間進入了嶄新的1912年。在所謂的民國元年開始，南北局勢卻因為大總統的職位之爭而變得劍拔弩張。作為實力派和中間派，孫元起更是兩方積極拉攏的物件。在新年的頭十天裡，他這個北方內閣的學務大臣、南方政府的教育總長，至少分別接到二十封電報催他趕快前來就職，彷彿都在用這種方法逼孫元起表態。
而孫元起在完成整頓學校之後，也已經把出川之行擺上了案頭。。。）
二八四、夜發清溪向三峽
是的，孫元起要出川，因為外面有一大堆事情需要他親自解決。
比如要和莉莉絲、美國駐華公使