嘉樂恆等海內外人士晤談，給川、陝、甘等地區制定一個可行的工農業發展長短期計劃。
再比如要跟孫中山、袁世凱等巨頭磋商，討論自己治下三省的地位問題，並履行教育總長職責。——從去年三月底到現在不足一年工夫，孫元起從清水衙門的侍郎一躍成為國內屈指可數的實力派，甚至可以與縱橫清末民初二十年的大梟雄袁世凱平輩論交。世間遭遇之奇幻難測，由此可見一斑！
當然，孫元起此次著急出川原因還不在此，因為他還有一個更重要的任務：把中國科二八四、夜發清溪向三峽學技術學會的總部遷到國內！
1907年，孫元起借出訪瑞典領獎之機，在英國倫敦成立了中國科學技術學會歐洲分會，之後，美洲分會、日本分會也相繼成立。但由於清末局勢所限，為避免不必要的麻煩，國內一直沒有什麼動靜。然而中國科學研究水平總體比較落後，研究院所佈局非常不合理，科研工作者缺乏系統的協作配合，這些都迫切需要一個全國性的科學技術學會進行組織和領導。
孫元起雖然是南方的教育總長、北方的學務大臣，但就其所管範圍，則相當於今天的教育部長加科技部長。如果再考慮到孫元起手裡的地盤，完全可以認為他是分管科教文衛體的副總理。現在他完全有實力保證中國科學技術學會總部遷回國內後的安全，也有能力對全國的科研佈局進行調整，根據國家需要設立一系列科研機構。
粗略結束手頭的事務，又大致擬定未來兩三個月的工作計劃，孫元起便找來楊度、章士釗、沈翔雲、蔣志清等人，吐露自己出川之意。本來以為楊度會率先提二八四、夜發清溪向三峽出反對意見，沒想到他卻大點起頭：“現今天下風起雲湧，群雄逐鹿，百熙確實不能一直安居巴蜀，是應該到南京、上海、北京等地走走，去近距離看看各處的風雲變幻！”
孫中山在被選舉為中華民國臨時大總統之後，除了以公元2年為民國元年，還把江寧府改稱南京府，定為中華民國國都。南京在歷史上曾被叫做金陵、秣陵、建康、江寧、應天等，但被稱為“南京”還是在有明一朝。很顯然，孫中山是想透過改名來體現自己“反清復明”的意圖，期望**就像明太祖朱元璋定都南京（當初名叫集慶，朱元璋改叫應天）一樣，以後可以北伐成功，徹底“驅除韃虜，恢復中華”，取得漢族復興的偉大勝利！
楊度搖著扇子繼續說道：“而且昨天暢卿（楊永泰）剛好發來電報，說預備立憲公會改組新中國黨的工作已經大致完成，想在上海召開一次成立大會，你這個黨首自然不能缺席。此外，據說光復會黨首章太炎（章炳麟）對興中會一系把持同盟會的局面十分不滿，有意攜部分同仁脫離同盟會，與我新中國黨在議會中提攜共進，具體事宜也需要你出面和他詳談！”
章士釗則有些擔心：“皙子兄，大人真的必須要出川麼？自光緒、宣統以來，暗殺之風盛行，諸如徐錫麟之刺安徽巡撫恩銘、吳越之刺出洋五大臣的事件不勝列舉。去年軍興之後更是甚囂塵上，兩任廣州將軍（孚琪、鳳山）死於**黨之手，吳綬卿在眾軍環繞之下也被賊人取去首級。古人有云：‘千金之子坐不垂堂，百金之子不騎衡，聖主不乘危而徼倖。’大人現在手握四協之兵、三省之地，有崤函之固、巴蜀之饒，完全可以坐視天下成敗，何苦要自履險地？”
楊度搖搖頭：“所謂‘富貴險中求’，想要得到收益，自然得有所付出，從來天上沒有平白無故掉餡餅的道理。更何況百熙此行並沒有太大風險？”
沈翔雲奇道：“皙子先生，怎麼能說沒有風險呢？現在袁慰亭、孫逸仙二人南北對峙，可謂勢均力敵。袁慰亭得到我們的地盤，就可以輕取孫逸仙；孫逸仙得到我們的地盤，則可以殄滅袁慰亭。他們可都對我們手中的地盤垂涎欲滴！”