綜合潘基文周圍人們的話，即使不是他的失誤，這次波折也會成為外交部生活當中絕難忘記的事件。
外交部次官時期經歷最大考驗（4）
2001年3月7日，潘基文召集全體外交部職員舉行了非公開照會，提出了“外交部自省論”。
“韓俄共同宣告中涉及的有關ABM條約的語句雖然通用於國際社會，但是，外交部沒能事先覺察到國際社會的情況變化。這次造成了不好的結果，讓國民蒙受羞辱，我們必須反省。”
潘基文還要求說：“外交部的上下級意見和命令雖然貫徹良好，但是橫向的討論和資訊共享還不夠好。將來，各部門之間必須緊密協調，努力加強與其他部門之間的關係。”
參加當天職員照會的外交部相關人士說：“韓美首腦會談前夕，發生了足以刺激美國的事情，美國通潘基文次官好像感覺到了道義上的責任。”
結果，NMD體系之爭引起的外交部危機仍在繼續。2001年4月，潘基文和李廷彬長官同時被解職，淪為了失業者。外交部歷史上還從來沒有跌落於次官職位的外交官。這就是人事問責制度。
從事了三十一年的外交工作，除此之外一無所知，潘基文實在難以接受成為失業者的事實。曾被譽為模範外交官的潘基文，每天都找朋友們喝酒，夜裡難以入眠。短短兩三個月，他的體重就減輕了十公斤。他非常絕望，甚至說過：“我真想死。我從來沒有為自己活過一個小時啊……”他的朋友安英秀教授給他買了地鐵月票，告訴他說：“現在沒有人給你開車了，你乘地鐵吧。”
當時，外交部很多人議論紛紛，傳說潘基文從次官位置落馬的過程與前外交通商部長官洪淳瑛的情況非常相似，而洪淳瑛是潘基文在忠州初中和忠州高中的前輩。金泳三政府時期，洪大使也曾經遭到過解職。
《月刊朝鮮》2001年5月號曾經發表了記者撰寫的報道，長達五十頁稿紙，引用了很多後輩外交官感嘆潘基文落馬的聲音。
當這篇報道在外交部周圍傳開的時候，外交部長官李廷彬的繼任者韓昇洙長官開始尋找救助潘基文的途徑。90年代，韓長官擔任駐美大使，曾經留意到身為駐美公使的潘基文，並對他的優秀和誠實表示了讚賞。
韓昇洙長官以這篇報道和外交部的評判為根據，促使青瓦臺認識到潘基文是個深孚眾望的外交官。當時，前總統金大中的某個親信直接向金總統報告了刊登於《月刊朝鮮》的這篇報道，希望能夠再給他工作的機會。
2001年9月，韓長官擔任聯合國大會主席，立刻恢復了潘基文的外交官身份。於是，潘基文奔赴紐約，擔任聯合國大會主席秘書室長，兼任駐聯合國總部大使。當時也有人冷嘲熱諷：“曾經當過外交部次官的人，現在去做外交部局長級的工作，這像什麼話啊？”但是，潘基文對此表示感謝，因為重新恢復了外交官的身份，又可以去做自己喜歡的外交工作了。
作為聯合國大會主席秘書室長，他發揮了百分之百的作用。因為常駐聯合國，潘基文得以拓寬了自己的人脈。他的外交生涯中多了聯合國大會主席秘書室長的經歷，這對於將來成功當選為聯合國秘書長起到了重要作用。經過在金大中政府時期的迂迴曲折，潘基文保住了自己的外交官身份，最後迎來了盧武鉉政府。
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總統盧武鉉和外交部長官潘基文（1）
重任次官，而不是期待中的長官
2002年12月，盧武鉉在大選中獲得勝利，於是有人傳說潘基文將升任外交部長官。他曾經擔任過將近十年的次官，又非常熟悉美國，應該是最為合適的長官人選。這樣的評論不絕於耳。
但是，總統秘書室長文喜相卻只是邀請潘