基文擔任次官級的外交助理。文室長說：“因為有新制定的職責，請潘大使務必就任。”文室長兩次強調了“新制定的職責”。事實上，潘基文希望擔任外交部長官或駐聯合國大使。
不過，潘基文字著“不挑崗位，努力工作”的信條，擔任了次官級的外交助理。雖然人們希望他擔任外交部長官，最後卻做了次官。
2003年2月，盧武鉉總統第一次見到潘基文，並在青瓦臺一起用餐。見面打招呼的時候，盧總統說：“潘助理，你還不瞭解我吧？我也不怎麼了解你，以後我們好好共事吧。”
盧總統的話裡包含著這樣的暗示，以前是因為不瞭解外交官潘基文，現在重新安排工作，將來還會委以重任。盧總統說，時間越久，越感覺起用潘基文是正確的選擇。根本性的想法雖然有所不同，但是盧總統還是高度評價了他毫無瑕疵的工作處理、誠實和無私的態度。
盧武鉉政府上臺以後，圍繞韓國的外交狀況並不明朗。2004年新年伊始，其他政府部門的公務員們紛紛祝福新年，外交部的高階官員們卻發出了憂慮的嘆息。
2004年年初，韓國外交的兩大懸案，即韓國與智利自由貿易協定（FTA）批准同意案和派兵同意案的國會處理有可能推遲到2月份，訊息傳開之後，立刻造成了緊張的氣氛。外交官們雖然斯文，卻衝著國會議員們發出了粗暴和憤怒的吶喊。
當時，駐智利大使慎長範史無前例地向全體國會議員分發了四頁A4紙的公開書函，這也是迫於危機感的舉動。某位高階外交官說：“韓國向智利承諾的FTA，向美國承諾的派兵同意案沒能在一月份處理，今年的外交工作必然面臨重重困難。”
現場的聲音更為迫切。“2003年12月開始與日本協商FTA之後，預定二月份舉行第二次會談。而且，韓國馬上就要與新加坡協商FTA，如果與智利的FTA不能生效，我們怎麼好意思在協商現場露面（通商交涉本部外交官）。”“政府已經向國會提交了派兵同意案，然而國防委員會還沒有商定。考慮到派兵準備就需要三個月的時間，如果一月份還不能處理派兵同意案，那麼對美國承諾的四月派兵就不可能了（負責美國問題的外交官）。”
自主派與同盟派的矛盾
鑑於這種情況，2004年1月，外交部內部“自主派”和“同盟派”的矛盾開始浮出水面。實際掌權者的386世代①為主的國家安保會議（NSC）和外交部對美政策負責者之間的矛盾隨即公開化。
“自主派”以NSC政策企劃室為中心，主張對美政策應該區別於過去，這些人大部分都參與了當前政權，並與原來的對美陣線處處為敵。特別是在討論女中學生孝善和美善死亡事件的後續處理、伊拉克派兵案、龍山基地遷移協商等問題的過程中，相互之間更是傷了和氣。看不見的戰線已經在無形之中形成了。
以曾在駐美大使館工作最低三年時間的人們為主軸，形成了外交部對美陣線，主張不要對抗開展強力外交政策的布什政府，相反，NSC則強調所謂的“自主外交”，指出過去的對美外交政策存在大量屈從成分。這種潮流被媒體放大為“自主派”與“同盟派”的對立。
在這個過程中，對美陣線負責人無論在公開場合，還是在私下場合，都宣稱必須慎重對待韓美協商，於是青瓦臺和NSC發出了警告資訊。
另外，部分外交部職員在非公開場合發言，對政府在龍山基地遷移協商的立場表示遺憾。駐韓美軍突然遷移，國民在安保方面容易感覺不安全，所以他們認為必須慎重考慮國民的心理因素。青瓦臺接到了匿名信，內容是“尹永寬長官及次官、局長、課長等批判盧武鉉總統有關龍山基地遷移協商的對美政策”。這封匿名信還具體指出了批判盧武鉉總統的發言的時間