得了伊斯蘭各國的尊奉。
這是八世紀唐朝在中亞的軍事力量敗於大食後，華夏政治勢力的迴歸，是漢文化在伊斯蘭世界中成功的滲入。
從西遼時期起，
雖然西遼政權直接佔據了八剌沙袞附近，
但西遼國卻將東、西喀喇汗與葛邏祿自治區分而治之，僅僅只是派駐不同的監察官進行監督而已，
實際上，東、西喀喇汗與葛邏祿自治區，仍然是半獨立的政權，
喀喇汗朝之後，逐漸失去了七河流域與伊犁河流域，
開始由兩個相對統一的王朝，演變為多個政權組成的鬆散聯合體。
從12世紀中期開始，喀喇汗朝各地派駐的長官紛紛獨立，與西遼分庭抗禮。
12世紀末期，一個名叫斡匝兒的葛邏祿響馬，佔據了喀喇汗朝的阿力麻裡，建立起小汗國，
不久，另一個名為阿爾斯蘭的葛邏祿人佔據海押立，對抗西遼。
西喀喇汗朝，徹底失去了對伊犁河流域的控制。
而東喀喇汗王朝成為西遼王朝的附庸之後，
王朝的首領伊卜拉欣於公元1158年，被西遼王朝派往河中地區幫助西喀喇汗王朝鎮壓叛亂的葛邏祿人。
根據史料，東部喀喇汗王朝的首領又恢復了汗的稱號。
繼伊卜拉欣統治的是其兒子穆罕默德，之後是孫子玉素甫。
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玉素甫在公元1205年，死於喀什噶爾，其子穆罕默德繼位。
在穆罕默德統治時期，宗主國西遼王朝政局已很不穩定，
附庸國或獨立，或轉投成吉思汗。
穆罕默德汗被西遼王朝囚禁於八剌沙袞。
之後西遼，放穆罕默德汗回喀什噶爾，但是喀什噶爾貴族們並不歡迎穆罕默德汗，當他入城時被刺死於城門中，東喀喇汗王朝滅亡。
而西遼王朝歸併河中地區後，封伊卜拉欣為桃花石汗，作為自己的附庸。
在他統治時期，西喀喇汗王朝與葛邏祿軍事首領之間繼續鬥爭。
公元1156年，桃花石汗伊卜拉欣與葛邏祿軍事首領艾亞爾伯克在飢餓草原會戰，戰敗被俘遭殺，暴屍於草原。
繼位的是阿里，稱恰格雷汗。
從此西喀喇汗王朝的統治權又轉回哈桑系手中。
阿里是東喀喇汗王朝的烏茲幹領主。
恰格雷汗阿里於公元1158年，殺死葛邏祿大首領比古汗，
比古汗的兒子們逃往花剌子模。
花剌子模沙鼓動並支援流亡的葛邏祿人進犯河中地區。
最後，經宗教界人士調解，雙方訂立和約。
西遼王朝認為攜帶武器的葛邏祿人始終是河中地區不安定的因素，決心予以徹底剷除。
公元1164年，西遼承天太后普速完，命令西喀喇汗王朝把布哈拉和撒馬爾罕地區的葛邏祿人遷往喀什噶爾地區，他們到那裡後不準再攜帶武器，要從事農業或其它勞動。
此舉引起葛邏祿人暴動，他們聯合起來，向布哈拉進軍。
布哈拉地方長官用談判穩住葛邏祿人，使他們失去警惕。
喀喇汗王朝的軍隊突然到達，葛邏祿人措手不及，遭到毀滅性的打擊。
從此，葛邏祿人在河中地區的勢力衰落，之後沒有同喀喇汗王朝發生大的衝突。
此後西喀喇汗王朝汗位更替頻繁，
13世紀初，末代君主奧斯曼即位時，汗權已經十分衰弱了。
公元1206年，布哈拉城爆發了手工業者桑賈爾領導的反對宗教封建主的市民起義，給教團勢力以沉重打擊。
原本臣屬於西遼的花剌子模國王