程還在如火如荼進行中，在周開錫，以及船政總監工葉文瀾的統籌指揮下，原先是一片田地的船政廠區已經完全墊高平整。考慮到颱風、潮汛的威脅，又圍繞廠址打木樁加固，並在廠區對陸地的三面開挖河渠，用以排水，以及方便運貨船舶駛入。車間、學堂、衙門、寓所都在陸續興建，7月的酷暑裡，工人們揮汗如雨，晝夜興工。（21）
初創時期的福建船政廠區
到了秋季，廠區一些建築已經次第完工。10月6日，日意格返回馬尾，帶來僱傭的首批12名洋員、洋匠，以及隨行的4名女眷、1名孩童。（22）然而就在此時，變局突起。
新任的閩浙總督，安徽明光人吳棠向來以思想保守著稱，加之左宗棠在其到任之前，將船政這一用錢、用物的重大工程奪走，另委他人，吳棠對此早就心懷忿忿。利用總督的權力，借一些不知來源的匿名信和打油詩為證據，吳棠對左宗棠委任的一些船政官員痛下殺手，以貪墨等事奏參彈劾，並質疑船政工程。
對這一可能危及船政生命的打擊，沈葆楨與福建將軍英桂等忍無可忍，上奏據理力爭。遠在陝甘的左宗棠也憤然反擊：“吳棠到任後，務求反臣所為，專聽劣員慫恿，凡臣所進之人才，所用之將弁，無不紛紛求去。”（23）最終，吳棠被清政府調任四川總督，在閩浙總督任上僅僅不滿一年，被吳棠革職驅逐的船政官員均重新起用，而以觀念較開放的浙江巡撫馬新貽升任閩浙總督。
船政衙署頭門前的石獅。船政廠區建設初期，主管全域性的提調周開錫在福州南后街著名的惠安石匠世家蔣源成石鋪訂做了一對石獅，立於船政衙署頭門前。“文化大革命”中，石獅被視為“四舊”，遭敲砸翻倒，從此不知下落。1986年5月文物工作者從鐵路路基下挖掘尋獲，經修復現陳列在船政輪機車間廠房門前。衙署頭門兩側原有沈葆楨題寫的楹聯：“且漫道見所未見，聞所未聞，此即是格致關頭，認真下手處；何以能精益求精，密益求密，定須從鬼神屋漏，仔細捫心來。”在頭門之內，船政衙署的儀門兩側的楹聯就是著名的“以一簣為始基，從古天下無難事；致九譯之新法，於今中國有聖人”。
籠罩在船政上空的陰霾一掃而空，撥雲見日，在新落成的船政衙門前，沈葆楨滿懷豪情地題下楹聯：“以一簣為始基，自古天下無難事；致九譯之新法，於今中國有聖人”。
【註釋】
（1）《左宗棠全集》15，嶽麓書社，1989年版，第1000頁。
（2）“湘楚軍營制…行差告示”，載《近代史資料》，總第71號，中國社會科學出版社，1988年版，第18頁。
（3）《左宗棠全集》10，嶽麓書社，1989年版，第485頁。
（4）關於法國此次提出的合作建廠情況，見夏春濤譯：“日意格1864年關於中國內戰的日記”。載《近代史資料》，總第90號，中國社會科學出版社，1997年版，第4…8頁。
（5）夏春濤譯：“日意格1864年關於中國內戰的日記”。載《近代史資料》，總第90號，中國社會科學出版社，1997年版，第47頁。
（6）《船政奏議彙編點校輯》，海潮攝影藝術出版社，2006年版，第6頁。
（7）《船政奏議彙編點校輯》，海潮攝影藝術出版社，2006年版，第4…5頁
（8）《船政奏議彙編點校輯》，海潮攝影藝術出版社，2006年版，第5頁。
（9）《船政奏議彙編點校輯》，海潮攝影藝術出版社，2006年版，第6…7頁。
（10）《船政奏議彙編點校輯》，海潮攝影藝術出版社，2006年版，第7、10、11頁。
（11）現代流傳