同不可為謀”，因兩人意見相左，於是馬一浮到職不到三個星期，就辭謝了這份差事。他對蔡元培說，“我不會做官，只會讀書，不如讓我回西湖。”
事後，馬一浮在追憶此事時寫道：“南京臨時政府收羅人望，以蔡孑民長教育。蔡君邀餘作秘書長，餘至而廢止讀經、男女同學之部令已下，不能收回，與語亦不剩又勸設通儒院，以培國本，……蔡君河漢吾言，但云時間尚早，遂成擱置，而餘亦去”。
【教育】
在浙大，馬一浮的講座有體有用，簡易親切，深受師生愛戴，當時的校長竺可楨也常去聽他的演講。在《竺可楨日記》中曾記載，“《詩》、《書》為至善，《禮》、《樂》為至美，《易》《春秋》為至真。以《易》為自然科學之源，而《春秋》為社會科學之源……可惜馬君言過簡單，未能盡其底蘊。”
馬一浮不僅對中國現代學校廢除經學不贊成，同時還對現代學校的學術分科多也不贊成。他認為，中國現代學校的另一個根本缺陷就是學術分科很多，當代學者往往執著於某一偏狹的領域，抓不住一個根本的東西，也不能融會貫通。為此他斷言說：“古人論學主通，今人論學貴別，今之所謂專家者，得之於別而失之於通。因此讀書之道，不能為紛歧多變的現象所迷惑，要從中抓住一個根本的東西。”這個根本的東西，在馬一浮看來就是“六藝”。
馬一浮對學生的教育，自始至終貫徹了“學而不厭，誨而不倦”的精神。他反對驕矜，倡導謙慎。馬一浮最早收錄的大弟子——袁心粲，一生盡力教育，不於仕官。在同門中，以行履篤實見稱。他從師馬一浮時，就帶了一本自撰的《陽明學說淺釋》前去求教。馬一浮翻閱後微微一哂，竟毫不客氣地說：“你懂什麼王陽明！”袁心粲聽後不服，當下就開展了辯論。馬一浮則博引旁證，從孔孟程朱以至康德杜威，時而古文，時而洋文，加以論述，使心粲從此心悅誠服地拜在馬一浮門下。
張德鈞是馬一浮在復性書院的高材生，馬平日對他比較喜愛。1941年秋，馬一浮的摯友謝無量到四川樂山復性書院看望馬一浮，相見甚歡。一日，馬一浮通知書院學人齊集爾雅臺謁見謝先生，請謝先生向諸生開示。這位高材生張德鈞驕矜自負，想考考謝先生的學問，首先發問：“什麼是無明？”無量微笑未答。馬一浮覺得張生此問出於勝心，必須析之，乃代謝先生答曰：“你這一念，便是無明。何不返躬自看。”張生慚而失色。在座諸生，莫不斂容。可見，馬一浮對學生的教育一貫提倡謙虛，反對驕矜。
馬一浮最早的弟子袁心粲信程朱，也希望自己的女兒袁卓爾從學程朱。1946年，袁卓爾正在嵊縣中學任教，袁心粲就命其辭去教職，到書院讀書一年，以領受馬一浮的教導和指點，並指望她能在馬一浮先生的指點下讀點程朱陸王的理學書。然而馬一浮考慮到她的喜好文學及文學基礎，就指導她研讀文學著作。馬一浮根據袁心粲指點其女兒讀書的請求，在沉吟了半晌後說：“卓爾不是喜好文學嗎？我看這樣，這一年就用來熟讀《莊子》、《楚辭》、《昭明文選》。其它瀏覽什麼自定。”袁卓爾聽了十分高興，深感馬先生是很能因材施教的。
馬一浮不僅根據學生的基儲志趣和特長進行指導，還十分重視針對學生在學習中存在和提出的問題施教，他在復性書院的《爾雅臺答問》是其教育實踐的重要組成部分。他回答學生的問題，不僅認真嚴肅，還非常深刻、極富啟發性，併成為馬一浮儒學思想的一個重要組成部分。
馬一浮十分重視對學生的心志教育。他說：“吾雖知醫，不輕為人處方。嘗謂醫生不可為，良醫治未病，其次治初玻病久而重，治之甚難。”所以他當學生中一有思想與義理不符之處，即抓緊“初脖以防治教育”。復性書院在1939年於四川樂山開辦後