，原配夫人鄒氏及新生嬰兒相繼去世。他的長兄錢聲一先生趕回家幫助料理後事，因勞傷過度，舊病突發，不幸也病逝。兩月之內，連遭三喪。長兄與他感情最厚，他的名字穆便是長兄取的。長兄去世時年僅四十，遺下妻子及兩子兩女。長子十六歲，跟著錢穆在蘇州中學讀高一，即後來著名的科學家錢偉長。
連失三位親人，對錢穆的打擊也是極為重大，在《先秦諸子系年·跋》中，錢穆寫道：“兒殤妻歿，兄亦繼亡，百日之內，哭骨肉之痛者三焉。椎心碎骨，幾無人趣。”
第一任妻子去世後，朋友金松岑到處為他張羅。金松岑曾是《孽海花》一書最先起草人，德高望眾，是錢穆最敬佩的前輩和忘年交，曾先後兩次為錢穆做紅娘。第一次為他介紹的是他的侄女，號稱東吳大學校花，兩人曾透過幾封信，見面後，對方坦言：錢先生做老師很合適，做丈夫卻不合適。金松岑又把錢穆推薦給自己的一個女弟子，女弟子回了一信：“錢君生肖屬羊，彼屬虎。羊入虎口，不宜婚配。”雖然媒未做成，錢穆對金松岑還是十分感激，所以第二次結婚時，仍請他做了介紹人，算是圓了他一個紅娘夢。
1929年春，錢穆與張一貫結婚，婚後有三子一女。張一貫曾在小學當過校長。婚後第二年，錢穆隻身到燕大任教，等北大工作穩定後才接妻子到北平團聚。華北告急，錢穆隻身隨北大南遷，1939年夏錢穆回蘇州侍母時，張一貫才攜子女自北平回到蘇州團聚。一年後錢穆又隻身返校，從此輾轉大後方各地。他是有名的只顧學問不顧家的人，一心治學，與家人聚少離多。錢穆1949年離開大陸後，三子一女都是由張一貫帶大。
錢穆赴港後，繼配張氏與諸子女皆留在大陸。錢穆獨居無侶，生活維艱。由於沒有人照顧，生活缺乏規律，致使經常胃病大發。
1952年4月16日，錢穆應朱家樺邀請，到臺灣為“聯合國同志會”演講，活動借用淡江文理學院新落成但尚未驗收的“驚聲堂”舉辦，聚集四百餘人聆聽錢穆關於唐宋史的看法。演講完畢，在答問之際，講臺前的屋頂突然掉下大水泥塊，第一排的貴賓聽眾、活動主持人以及錢穆均遭波及，多人受傷，應邀聽演說的立委柴春霖重傷當場死亡。意外發生時，錢穆頭部遭到石塊重擊昏厥，險遭掉落的碎石活埋，眾人將他從石堆中救出，送臺北中心醫院急救，幸而無性命危險。蔣經國、張群、何應欽等人聞訊，立即趕赴探望。身受重傷、不便行動且須治療，錢穆只能赴臺中存德巷養病四月，直到1952年八月才返港。
講堂塌陷意外卻開啟錢穆的另一場人生意外，養病期間，任職臺中師範學院圖書館的新亞學生胡美琦，因為與錢有師生關係，每天下午圖書館工作結束便來護侍，晚飯後離開，星期天則陪他到公園散步，並陪同錢穆到臺中各地散步、旅遊，也協助錢穆蒐集藏書研究，隨著相互瞭解的加深，兩人漸生感情，為日後共結連理埋下種子。
胡美琦出身名門，江西南昌人，父親是國民政府時期的江西省主席胡家鳳，與錢穆本是舊識，1950年由港赴臺任國策顧問；兄長鬍美瓊曾擔任臺灣省公路局長。胡美琦對歷史與教育別有研究，日後曾在文化大學任教，文筆頗佳，錢穆晚年因眼疾無法專心著述，皆由胡美琦代整理付印才能順利出版。
胡美琦曾說，兩人之間並非浪漫的愛情，她因景仰錢穆人格學養，願意委身下嫁，照料不時為胃疾困擾的錢穆。
一九五四年師範大學畢業後，胡美琦重回香港，兩人經常相見。一次錢穆胃病復發，久治不愈，為了便於照顧，錢穆向她求婚，胡美琦答應了。
1956年春，62歲的錢穆與比他小35歲的胡美琦在香港結婚，兩人在九龍亞皆老街更生俱樂部舉行簡單的婚禮，婚禮僅邀新亞同事眷屬十餘人參加。