他的家中，章太炎默不作聲，最後作罷。
章太炎開始並不知道他被軟禁之事。一日，他乘車外出赴宴時，憲兵也跳上車，呈前後夾衛狀，宴後歸時，夾衛如故。章頗覺奇怪，問吳宗慈，吳沒有如實告知。第二天，他去拜訪胡培德，胡對他說：“此為袁世凱派來保護者。”章聞言大怒，抄起手杖把憲兵打得抱頭鼠竄。章這才心情大好，對吳宗慈說：“袁狗被我趕走了！”吳宗慈只能唯唯以對。憲兵被章太炎驅趕後，便著便服而來，和吳宗慈、張亞農談判，說他們是奉上邊的命令來保護章先生的，雖然觸怒了章先生，但仍不敢怠慢，所以易服而來。吳、張二人不便拒絕，只能同意，不讓章太炎知道此事。
袁世凱為了收買章太炎，曾派陸建章的秘書秦某（曾為前清翰林）去給章送錢。秦某剛把懷裡的五百元錢掏出來放到桌上，章太炎站起身來，將錢扔到了秦某的臉上，並瞪著眼晴斥責道：“袁奴速去！”秦某嚇得落荒而逃。
章太炎曾致書袁世凱，要求袁釋放自己，但袁並不理會。後黎元洪進京，章致信黎。黎接信後，乃夜叩袁的臥室求見，值袁已入睡，不獲接見。第二天，黎再見袁，為章求情。袁於是打算給章一個虛職，準備命章負責考文苑，但章要求袁撥開辦費20餘萬元，並讓其聘請海內外名宿擔任教授，袁世凱只願意給15萬，最後雙方未談妥，遂作罷。
後來，章太炎的得意弟子黃侃到北大教書，前來陪侍，章太炎便口授《中國文學史》講義，由黃侃悉心整理，師徒二人常夤夜不輟，章才不覺寂寞。
據許壽裳回憶，章太炎被軟禁後，“每日寫‘袁賊、袁賊’以洩憤，又喜歡花生米下酒，吃的時候把花生的蒂去掉，說：‘殺了袁皇帝的頭’。以此為樂。”他還從後花園裡挖樹根，修理成人形，上面寫著“袁世凱”三個字，燒了之後挖個坑埋掉，然後他高興得滿院子裡跑，邊跑邊喊：“袁賊燒死啦！袁賊燒死啦！”再到後來，罵人之餘百無聊賴，章太炎就在寺裡講課，宣揚革命道理。袁世凱的便衣混在學生中去偵察。章太炎辯才尤佳，幾個便衣竟被章慷慨激昂的風度精神所感染，筆記記得不亦樂乎，還頻頻提問。
在錢糧衚衕的居所，章太炎可讀書寫作，親友和弟子也可前來探望，但就是不給他出門的自由。章只能設法洩憤，以各種方式咒罵袁世凱解氣。他先是在八尺見方的宣紙上大書“速死”二字，懸掛於廳堂正中；然後滿屋子遍貼“袁世凱”字樣，以杖痛擊，謂之“鞭屍”。吃湯圓時，他戲稱道：“湯圓又稱元宵，元宵者，袁消也。”一口將湯圓吃下，引得大家大笑。他在室內寫滿了“殺、殺、殺、殺、殺、殺、殺，瘋、瘋、瘋、瘋、瘋、瘋、瘋”的對聯。
章太炎的長女到北京陪伴父親，為了不給父親增加負擔，自縊於錢糧衚衕。章太炎的夫人湯國梨回憶章長女的死：“女兒章於1915年4月去京省視老父，後悉此舉恰恰無意中落入袁之圈套，非但將致老父於死地，即自身亦陷入絕境，遂於9月間自縊身死。”
章太炎被囚禁後，袁世凱在生活上對章太炎極為照顧。章夫人湯國梨也說，章太炎在被囚期間，每月的費用是500元（當時一個警察每月薪水4元左右，大學裡工資最高的教授，每月不過400元）。但章太炎並不因此就感激袁世凱，罵袁之餘，他就拿看押的警察開涮。章太炎向來簡樸，但在被軟禁期間，居然一口氣僱了十幾個廚子和僕人（其中不少人為警察改扮），而且，並頒示規定：僕役對主人須稱呼“大人”，對來賓亦須稱呼“大人”或“老爺”，均不許以“先生”相稱；每次見到主人，必須抬頭挺胸，雙臂下垂；逢陰曆初一、十五，還要向他磕頭，以賀朔望。如敢違例，輕則罰跪，重則罰錢。他甚至強迫這些僕人照條約跟他具結，簽字畫押。
有人問章為何要訂立此