其四，澄清吏治。光、寧以後，吏治大壞，及至理宗親政，更是貪濁成風，賄賂公行。理宗親自撰制《審刑銘》、《訓廉銘》等，把道德宣傳與法律約束結合起來，規定官員犯贓與謀殺、故殺、放火列為同罪，貪贓移作他用者籍沒其家，推行吏部考功條法，懲辦了一批贓吏。
官吏冗濫是吏治腐敗的又一現象，往往六七人盯住一個候補官缺，即消耗國家財政，又影響行政效率，更造成跑官行賄。理宗對此也採取了一系列措施。
一是取消堂除陋規。堂除是權臣專政下的政治陋規，也為內降恩澤濫授美差留下了後門。堂除之闕還給吏部後，&ldo;赴選調者無淹滯，合資格者得美闕&rdo;，有效抑制了內降恩澤。
二是減少官吏權攝。所謂權攝就是不夠任職資格者代理為官，官員隊伍因而膨脹。理宗規定，內地如缺州縣官，必須由現任官出闕；出任兩任通判者其中一任必須到兩廣四川等偏遠地區任職，確保那裡官缺不再權攝。
三是控制取士人數。從端平到淳祐的六次科舉取士，每舉平均取士約四百五十人，比起理宗寶祐以後七次科舉取士每舉平均約六百人來，大約少取四分之一，也應是減少冗官的措施之一。
四是嚴格升遷制度。為了抑制僥倖得官和越級提升，理宗規定：在朝的宰執、臺諫、侍從以及在外的監司、帥守不得徇私薦舉；未歷州縣官者不得入朝為郎官，已經在朝為郎官者必須補上這一任。
其五，整頓財政。理宗親政，財政上面臨物價飛漲、國庫空虛兩大問題。前者主要是濫發紙幣造成通貨膨脹，後者主要是端平入洛的軍費開支與應付冗官的行政花銷。回應前者的主要措施是停止發行新幣，適當回收舊幣，嚴禁偽造楮幣。這些措施有一定作用，但不能從根本上解決南宋後期日漸嚴重的會子危機，對此將在《會子危機》裡細說。
應對後者的主要措施是嚴格會計制度，實行節用方針。端平元年，理宗命尚書省設局審計戶部財賦收支，下令編制《端平會計錄》。嘉熙二年（1238年），命各州府仿照戶部會計式樣，立簿記錄出納，每季送呈尚書省計簿房，作為考核官員的標準之一。端平二年，宰執自願減半俸，以為提倡節用的表率。這年九月，理宗命大臣審定節用專案，範圍上自宮掖，次及朝廷，下至州郡，指示&ldo;毋牽私情，毋惑浮議，日計之雖不足，歲計之則有餘&rdo;。
其六，尊崇理學。韓侂胄倒臺後，理學地位逐漸上升。理宗即位前就向鄭清之學程朱理學，即位後又讓真德秀講授朱熹的《四書集註》，寶慶三年，進封朱熹為信國公，凡此都表明他對理學十分熱衷。端平親政，理學家們掀起了為程朱理學爭正統的熱潮，理宗也成為理學官學化程序中舉足輕重的一位君主。
端平元年，他下令周敦頤、程顥、程頤、張載和朱熹入祀孔廟。次年，理宗採納李埴的建議，享受入祀孔廟待遇的改為胡瑗、孫復、邵雍、歐陽修、周敦頤、司馬光、蘇軾、張載、程顥與程頤。從這一名單，反映出程朱理學雖已成為主流派，但尚未定為一尊，蜀學領袖蘇軾與文壇泰斗歐陽修都名列其中。
淳祐元年（1241年），理宗分別追封周敦頤、程顥、程頤、張載為汝南伯、河南伯、伊陽伯、郿伯，與原先所封的信國公朱熹同為儒學嫡傳正宗，令學官列入孔廟入祀。與此同時，理宗宣佈王安石是儒學&ldo;萬世罪人&rdo;，黜出孔廟；胡瑗、孫復、蘇軾、歐陽修也被遷出，司馬光則賠了綁。
景定二年（1261年），司馬光又與邵雍、張栻、呂祖謙補祀入孔廟，這是南宋最後排定的名單，程朱理學的官學正統地位宣告確立。
擢用理學之士，也是理宗表彰理學的重要表現。起用真德秀、魏了翁對朝野影響最大。真、魏被