時無人通讀，朝庭只好封壓起來。
直到成帝時，經學家劉歆領校皇家藏書，用古文《尚書》校勘今文《尚書》，校出今文《尚書》脫簡及異文若干，便向皇上建議推行古文《尚書》，可是立即引起眾人不滿，並由此暴發了一場今、古《尚書》之爭。
今文派繼承了先秦諸子遺風，思以其道易天下，主張通經致用，他們解經只重微言大義，研究其歷史、政治；古文派不重哲學而重歷史，他們要負起儲存和傳佈文獻的責任，留心在章句、訓詁、典禮、名物之間。
其間，古文《尚書》還出現了“河間獻王本”、“中秘古文字”、“張霸百兩篇本”、“杜林漆書本”等。比較流行的是“杜林漆書本”，因為該本沒有“佚書”十六篇，只有同於今文《尚書》的二十九篇，賈逵、馬融、鄭玄、王肅等大家，先後為其作注，越發贏得了人們的尊信。
西晉永嘉之亂，大量古籍流失，今、古文《尚書》隨之亡佚。東晉初年，豫章內史梅賾突然獻上一部用“隸古定”字型書寫、由孔安國作傳的古文《尚書》，並序共五十九篇。由於經文完整和註解詳明，該書受到朝野上下的重視，以《書》經的地位確立並流傳開來。
唐天寶年間，尚書郎衛包，奉詔改古文《尚書》從今文，糾錯多處。開成年間將改後的今文字刻在“唐石經”中，成為版刻本之祖。經學大家孔穎達，據此撰寫了《尚書正義》二十卷，南宋時期與“孔傳”合刊為《尚書註疏》（“孔傳”為注，《正義》為疏），明、清時期刻在《十三經注疏》中。
從唐代起，開始有人對梅賾所獻古文《尚書》置疑，至宋代吳棫提出辨析後，經元代吳澄、明代梅��⑶宕�秩翳澈突荻暗熱說難廈芸賈ぃ�詈笈卸ㄆ渲卸��迤��拔憊盼摹渡惺欏貳保�翱裝補��筆恰拔笨狀�保�帽臼簟拔笨妝盡薄５�笨妝局興�４嫻慕裎摹渡惺欏範��似��詞巧討芪南椎奈ㄒ灰糯媯�羌��涔蟮奈南鬃柿稀�
二、與祖先的艱難對話
今文《尚書》二十八篇，按虞、夏、商、週四個朝代編排而成。
按內容可歸為三類：
第一類是關於堯、舜、禹、皋陶、啟等人的遠古歷史傳說，如堯禪位於舜，大禹治水，禹的兒子啟征伐諸侯有扈氏等；
第二類是關於周朝建國初年的重要文獻，主要反映了周公旦的活動，包括武王伐紂、周公攝政、周公東征、還政成王等：
第三類是一些零散孤立的檔案，所屬時代不同，各篇只涉及某一事件，和其它篇章沒有直接的關聯，如商王盤庚遷都於殷時告諭臣民的講話等。
按文體可分為六種：
第一種是“典”，即經典。如《堯典》，記載了堯、舜的事蹟和言論。古代史官認為這篇文獻應當受到人們的尊重，故奉為經典。有人懷疑《堯典》並非當時的記錄，而系後人根據傳說追敘而成；
第二種是“謨”。“謨”的讀音和字義與“謀”相通，“謨”即“謀議”。如《皋陶謨》，記載了舜、禹、皋陶等人彼此的問答、謀議政治的談話；
第三種是“訓”，即教訓、告誡。如《高宗肜日》，記載了大臣祖已教訓商王的話；
第四種是“誥”，即誥諭。無論口頭或書面，告諭別人都叫“誥”。“誥”即上級對下級的指示或統治者對臣民的講話，此類文章佔了全書的半數，是書中最為重要的部分。由於多是記錄講話者的口語，也最為難懂。如《盤庚》記載了盤庚告諭臣民要服從遷都於殷，《康誥》記載了周公教導弟弟康叔如何統治被征服的殷人，另外還有戒酒的《酒誥》，不要貪於逸樂的《無逸》等；
第五種是“誓”，一般指出兵征伐或交戰前所宣佈的誓師詞。如商湯伐夏桀時的《湯誓》，周武王伐商紂王時的《泰誓》、