蒙元雖然在治國思想上利用儒家文化，但在貫徹的過程中是不徹底的。在現實的生活中，存在對儒家文化的歧視，比如他們把當時的漢人分成了十等，即&ldo;官、吏、僧、道、醫、工、匠、娼、儒、丐&rdo;，本來&ldo;官、吏、醫&rdo;等階層的人也屬於儒家體系，但為了侮辱和嘲弄漢人的價值觀，故意把&ldo;儒家&rdo;分出來置於&ldo;娼&rdo;和&ldo;丐&rdo;之間。
由於儒家思想得不到徹底的貫徹，元朝在後期產生了嚴重的社會矛盾和民族矛盾。僅僅經歷了百年的輝煌，曾經不可一世的蒙古鐵騎，也不得不從中原消失了。
相容並包的宗教情懷
熟悉《射鵰英雄傳》的人都會記得其中這樣一個情節：暮年的成吉思汗年老體衰，他聞聽&ldo;全真七子&rdo;之一的丘處機有養生長壽秘訣，便派人下詔請丘處機前往汗帳，想向他討教長生之術。丘處機欣然應命，率領門徒不遠萬裡前往西域大雪山，向成吉思汗進諫治國之本。小說的描寫和歷史自然有一定的出入，但在歷史中，這二人確實在蒙古大漠會過面。
1219年冬，成吉思汗在西征途中，聽隨行的中原人介紹丘處機法術超人，遣使相召。丘處機說：&ldo;我循天理而行，天使行處無敢違。&rdo;遂帶弟子18人前往。歷時三年，行程萬裡，74歲高齡的丘處機終於會成吉思汗於雪山。每每進言：&ldo;要長生，須清心寡慾；要一統天下，須敬天愛民。&rdo;此講深得成吉思汗讚賞，口封&ldo;神仙&rdo;。在丘處機的影響下，成吉思汗曾令&ldo;止殺&rdo;。
由於與成吉思汗的這段機緣，道教在蒙古時期以及元朝初期取得了特殊的地位。元太祖十九年（1224年），丘處機回到燕京，奉旨掌管天下道教，住天長觀（今白雲觀）。同年，丘處機曾持旨釋放淪為奴隸的漢人和女真人三萬餘人，並透過入全真教即可免除差役的方式，解救了大批漢族學者。自此，全真教盛極一時。
儘管這一時期道教盡受恩寵，但成吉思汗對其他宗教亦是同樣優禮，正如志費尼在《世界征服者史》中提到的：&ldo;因為不信宗教，所以他沒有偏見，不捨一種而取另一種，也不尊此而抑彼；不如說他尊敬的是各教中有學識的、虔誠的人，認識到這樣做是通往宮廷的途徑。他一面優禮相待穆斯林，一面極為敬重基督教和佛教。&rdo;
可以說，成吉思汗是堅決主張信仰自由政策的，他在給後代的遺言中就強調，對各種宗教要一律平等對待。所以在元朝建立後，各種宗教得以並存。對此，李志安先生這樣說：&ldo;先西征的戰略選擇讓定都北京後的蒙元政府幾乎成為一個&r;&l;聯合國&r;&l;，忽必烈必須考慮各色人等的利益之爭。&rdo;
如果說元朝與道教的結緣是因為成吉思汗的長生情結，那麼對於蒙古統治者禮遇伊斯蘭教對宗教的信仰則是因為統治者念念不忘的長生情結。元代統治者要求伊斯蘭教徒為其&ldo;告天祝壽&rdo;。元代在大都的佛寺、道觀、教堂、清真寺，往往立有石碑，碑文為：&ldo;……皇帝聖旨裡，和尚、也裡可溫、先生、達知蠻每，不拒揀什麼差發休當者，告天祝壽者麼道有來。&rdo;
儘管成吉思汗時期對於佛教並未像對待道教那樣極度尊崇，但同樣採取優禮的政策。入元以後，佛教在諸教之中所受之尊禮為最，1253年忽必烈和八思巴在六盤山相見，並將其留在身邊問法論道，並首先給王妃察必傳授喜金剛灌頂，接著又很快為忽必烈傳授了薩迦派的喜金剛灌頂。八思巴被封為國師以後，成為全國的佛教領袖。
忽必烈及其以後的元