朝皇帝崇佛，因為佛教本身具備不同於其他宗教的特點。統一後的元統治者要求各教利用自己的宗教儀式來為元朝&ldo;告天祝壽，誦經祈福&rdo;。在這方面，佛教似乎明顯優於道教。元大都幾十個寺院的僧侶們經常舉行&ldo;誦經祈福，祝皇帝萬萬歲&rdo;等佛事活動，給元朝皇帝頭上&ldo;繞了一圈神聖的靈光&rdo;。
對於當時佛教的盛況，孟樊鱗在《十方重陽成壽宮記》中曾有這樣的感慨：&ldo;嗚呼！歷觀前代列闢重道尊教，未有如今之盛，興作之日，四方奔走，而願赴役者，從之如雲。&rdo;
正所謂一山不容二虎，作為皇家新寵的佛教很快就與傳統的宗教豪門道教發生了衝突。由於全真道教徒憑藉成吉思汗璽書，在燕薊晉北地區欺凌佛教，導致佛教與道教的激烈沖。為解決兩教之間的衝突，蒙哥令阿里不哥主持佛道兩家進行辯論。這次辯論會上，佛教聯合伊斯蘭教、基督教等教對道士進行批駁，&ldo;李志常等義墮辭屈，奉旨焚毀偽經，還佛寺三十七所&rdo;。但蒙哥對諸教的看法是隻稍稍抬高了佛教。
關於元朝的宗教政策，馬可&iddot;波羅曾經借忽必烈之口說過：&ldo;全世界所崇奉之預言人有四：基督教徒謂其天主是耶穌基督，回教徒謂是摩訶末，猶太教徒謂是摩西，偶像教謂其第一神是釋迦牟尼。我對於茲四皆致敬禮，由是其中在天居位而最真實者受我崇奉，求其默佑。然大汗有時露其承認基督教為最真最良之教意。&rdo;
當然，馬可&iddot;波羅抬高了基督教的地位，基督教確實也已經傳入了我國。基督教在我國的傳播經歷了很多曲折。唐太宗貞觀九年（635年），基督教開始傳入中國，稱景教，後來在唐朝會昌五年（845年）被禁止傳播。元朝時基督教（景教和天主教）再次傳入中國，元朝滅亡後又中斷了。
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