多，說少也不少，每天軍機處總會轉來一些奏摺，需要學部辦理。1909年底到1910年初，孫元起就一直忙於籌辦京師圖書館和籌建京師分科大學的事情。
京師圖書館就是國家圖書館前身。中國自古有愛書藏書的優良傳統，國立藏書機構很早便已經出現。如今新建圖書館，各地官司宦士紳捐贈的熱情比往經世大學送書還積極許多。孫元起搭建起裡面的人員架構，圖書館很快就正常運轉起來。
至於分科大學，則類似今天大學裡分設的各種學院。京師大學堂在開設之初就被定義為中國最高等的綜合大學，學科廣泛涉及文、理、工、農、醫、法等諸多方面。學生入學後，根據專業，按照《章程》規定學習相應科目，成績合格後予以畢業。
其次，老師經常缺崗，導致一些課程無法正常授課。京師大學堂的老師，要麼是有點學問的本土官僚，要麼是從國外聘請的洋教習。本土官僚多半俗緣未了，一邊在京師大學堂做老師，一邊與京中各部（是敏感詞不？）長官勾勾搭搭眉來眼去，期望撈箇中意的實缺。一旦得償所願，馬上離開學校，哪管聽課學生的死活？至於那些洋教習，則多是在本國混不下去的失敗者，被迫來到傳說中盛產黃金和香料的東亞淘金，本身也沒多少真才實學。京師大學堂只是他們短暫的棲身之所，哪天碰到發財良機，絕對是飄然而去，不帶走一片雲彩。
有鑑於此，從1908年開始，學部就籌議把京師大學堂仕學館按照學科拆分成不同專科，分開管理。經過近兩年的籌措，終於拿出了分科方案：共分為經、法、文、理、農、工、商、醫等八科，除了醫科因為監督屈永秋尚未到職暫緩外，其餘經科均於宣統二年（1910）三月間開學；其中還允許外國留學生到經科大學學習。
需要特別說明一下，這裡的“經科”可不是後世的經濟學，經濟學在清末叫“商科”，經科特指儒家十三經為中心的經學。這門學問除了東亞數國，全世界還真沒幾個人研究。作為經學的發源地和根據地的中國在這門學科裡的地位更是無人撼動。朝廷允許外國留學生來學習經學，倒是名正言順。只是他們也不想想，現在還有哪個國家會派留學生來學習經學？
日本自明治維新以來，大力脫亞入歐，經學早已經被掃進垃圾堆。屬國之中，琉球、朝鮮被日本吞併，安南、暹羅被英法圈為殖民地，廓爾喀也岌岌可危。難道指望美利堅、歐羅巴那些信仰基督的白人？
此次大學堂分科，不難看出其中很多設定參考了經世大學的做法，使得經世大學在中國高等教育中的標杆作用進一步凸顯。
當然，凸顯的不僅在於制度，還在於人事。
不用說，理科、工科的教員自然全是經世大學學子，連經、文、醫也有不少是經世嫡系。此外，孫元起還舉薦張元濟出任理科大學監督、嚴復為工科大學監督、羅振玉為農科大學監督。
在學部和軍機處看來，學部監督儘管是四品官，不過在教育口，而且是委派，半點實權沒有，是雞肋一般的存在。見學部侍郎保舉，加上他們三位在經世大學辦學確實卓有成效，居然都順水推舟同意了。等上諭傳到經世大學，張元濟、嚴復、羅振玉三人才知道孫元起保舉他們的事，都大感意外，趕緊乘車趕到城裡，想向孫元起問個究竟。…；
剛一進門，嚴復就劈頭蓋臉的問道：“百熙，老夫的工科監督是你保舉的麼？為什麼保舉老夫？怎麼事前都不和老夫說一聲？”
“養移體，居移氣”，孫元起擔任提學使、左侍郎三四年時間，總算有點處亂不驚的模樣。當下也不著急回答，而是恭敬地請三人進屋落座，奉上香茶後才慢慢說道：“不錯，諸位先生的監督之職是我舉薦的。要問為什麼，這理由可就多了，比如我對京學堂總監督劉潛樓（劉廷琛）有些成見。