請他題字、作序、寫文章、謀職位的人仍是絡繹不絕，他不勝其煩，遂在報上登出“三不啟事”：一不兼職，二不寫稿，三不介紹職業。
北京大學在蔡元培未當校長以前，開校務會議多半講英語，特別是預科的校務會議，全部講英語。不懂英語的教授，只好像聾子一樣坐在那裡，痛苦萬分。蔡接任校長以後，特別提議校務會議一律改用國語，這引起了外國教授的反對。他們用英語表示“我們不懂國語”。蔡先生針鋒相對，回答說：“假如我在貴國大學教書，是不是因為我是中國人，開會時你們就說中國話！”洋教授啞口無言。從那時起，任何會議發言，一律用中國話，不再講英語。
對於沒有真才實學的人，不論是什麼背景，蔡元培都力主一律解聘，有兩名英國教授依舊我行我素，帶領學生逛八大胡同。聘約期滿時，蔡元培不再續聘。那時外籍教授多由公使館介紹而來。英國駐北京公使朱爾典找蔡求情，遭拒絕。那位公使大怒，揚言：“我看你蔡鶴卿還能做幾天校長？！”外籍教授告到法庭，蔡元培請王寵惠作代理人，最後校方勝訴。
五四前後，北洋軍閥及其御用文人指責新士風為“洪水猛獸”。蔡元培發表《洪水與猛獸》一文，勇敢宣稱：“今日之士風，可以算是洪水；而今日之軍閥，正是猛獸，非用洪水淹此猛獸不可。”二十多年後，傅斯年先生回顧舊事，猶自感慨不已：“這話在當年是何等勇敢，何等切實！”
蔡元培先生擔任中央研究院院長後，因應酬較多，開銷亦大。他的部屬眼見院長的開銷快超出薪水了，就在原來的薪水之外，多加了200元。蔡元培領到薪水後一算，發現多了200元，很奇怪，就去問主管發薪水的人到底是怎麼回事。他知道原因後，當場就把多加的錢如數退了回去，並召集部署開會說：“一切要按照規定辦理，生活清苦些不要緊，但守法必須要嚴格做到。”
唐紹儀辭職後，蔡元培亦呈請辭職：“敬乞大總統速任教育總長，俾元培得早一日去職，即尸位之咎早一日解免。”當他到總統府向袁世凱當面辭職時，袁對他說：“我代表四萬萬人留君。”蔡元培說：“元培亦對四萬萬人之代表而辭職。”
1930年秋，國民黨某省政府改組，一個北大學生請蔡元培先生向蔣介石推薦他，並託老同學聯名致電蔡先生促成。鄭天挺記得，蔡先生很快給了回電，只有一句話：“我不長朕即國家者之焰。”
【治學】
蔡元培為劉海粟創辦的上海美專禮堂落成，題了四個大字：“宏約深美”。劉海粟說，這四個字是先生研究過古今中外許多大學問家後得出的科學結論。
蔡元培先生的治學成才四字要訣：“宏、約、深、美”，“宏”指在學習、汲取知識的過程中不要過於死板，知識結構狹窄，而是要把知識結構鋪開、鋪廣，做到博大宏偉，兼收幷蓄，融會貫通，為以後工作、學習打下堅實基礎。“約”指在基礎已成的前提下，由博趨約，突出個人專長，突出風格，自成一家。“深”意指在“約”的前提下敢於突破，究本窮源，深化知識。“美”則是一種至高思想境界，一種寬大無垠的境界，永無止境。
徐樹蘭是紹城的首富，曾於光緒六年捐銀10萬兩建屋購書，創立“古越藏書樓”，藏經史子集四部書籍15萬卷，編有《古越藏書樓書目》6冊，石印行世。他和弟弟徐又蘭編刻《紹興先生遺書》4輯，凡12種計158卷。蔡元培因叔父曾在徐家教過書，透過這點關係，進入徐家“古越藏書樓”校勘《紹興先生遺書》，他一邊校書，一邊讀書，自1886年至1889年，達4年之久。他遍讀了樓中的萬餘卷藏書，其中重要的書籍均經他親筆批註。有人曾見過經蔡批註的一部《管子》和一部《墨子》。有用紅筆的，也有用墨筆的，蠅頭小槽，書的每頁上面、