年末“萬年清”完成任務後仍回到船政，此後作為船政艦隊的一員，一直投用於臺澎巡防、運輸、聯絡。（43）
星隕吳淞
1881年11月9日，時任船政大臣黎兆棠上奏報告船政第二十四號軍艦，鐵脅木殼巡洋艦“開濟”號開工。非常巧合的是，在報告船政的技術再次飛躍時，同時提交了一份對船政元老“萬年清”的改造方案。
與當初全由法國人設計不同，此時的船政無論是艦船設計，還是施工指導，已經完全由中國人擔當。留學回國的工程師們決定將“萬年清”炮艦加商船的船型，改制成練習艦加商船。具體的方案是在“萬年清”開闊的艙面上新增一個長12。96米、寬5。44米、高2。5米的客艙，裡面左右各分十個房間，用作居住。將“萬年清”原來設在船頭、船尾的水兵、軍官生活區大範圍改造，變成貨艙，增加210餘噸的載貨量。另外將“萬年清”的蒸汽機、鍋爐全部拆出，更換為船政自行建造的新式複合蒸汽機和兩座圓式高壓鍋爐。其他如水線下的銅皮、桅杆上的桅盤、船體的所有捻縫、銅釘鐵栓全部更換。（44）
改頭換面後的“萬年清”被撥用於臺灣澎湖防務，往來大陸臺灣之間載運物資人員，遞送信函。中法戰爭時，“萬年清”停泊在臺灣淡水，法軍入侵淡水期間，“萬年清”因為停泊在內港，法艦未能深入，而僥倖躲過了一劫難。1885年底，下水已達16年之久的“萬年清”因為在臺灣滬尾遭遇颶風，船體多處損壞而返回船政維修，1886年3月修理完畢重新返回臺灣。（45）誰也未能想到的是，“萬年清”這一走，竟然是與出生地的永別。
1887年1月18日，“萬年清”載運臺灣巡撫劉銘傳的公文、軍餉，經過上海時錨泊在吳淞口外銅沙燈塔船東南約八英里處的錨地，等待次日乘潮進入黃浦江。19日清晨6時10分，江面大霧瀰漫，正當“萬年清”的管帶下令起錨時，一些水手突然聽到濃霧遠處有隆隆的輪機聲傳來，“萬年清”鳴響霧笛提醒來船。未能料想的是，一艘飄揚著米字旗的輪船突然出現在“萬年清”面前。雖然來船已經在試圖規避，但相距實在過近，而且來船航速過快，船頭猛烈撞上了“萬年清”的右舷，“萬年清”木製的船體無法抵禦這樣的撞擊，立刻進水下沉。15分鐘後，福建船政第一號輪船沒入水中。
由於事發突然，處於停泊狀態的“萬年清”根本無法躲避，船隻沉沒後，“萬年清”上放下的舢板搶救了一些人，闖了大禍的英國大英輪船公司的“尼泊爾”輪也急忙施放舢板救人。然而“萬年清”下沉速度過快，先後共只救起181人，其餘114人不幸身亡。隨船而亡的基本都是在露天甲板下的人員，現場只撈獲6具遺體，至於搭載的軍餉、公文，都淹沒殆盡。（46）
得悉噩耗，江海關道龔照瑗急忙趕到現場料理，一面安頓救起的人員，一面帶領外國潛水員設法打撈屍體和餉銀，同時向上司李鴻章以及臺灣巡撫劉銘傳通報。經李鴻章轉稟，總理衙門也獲悉了這件重大海事事故，異乎尋常地作出嚴肅處理的指示。經江海關道龔照瑗會同上海縣令辦理，由當時在“萬年清”上經歷了撞船事件的生還者臺灣道臺張鴻祿作為證人，聘請上海知名的洋律師擔文，和英國輪船公司打起了訴訟官司。（47）
值得一提的是，當時撞擊“萬年清”的“尼泊爾”輪船屬於英國大英輪船公司，中國史料中稱其為“英國來申公司輪船”，即到上海來的英國商船，現代一些著作中卻把“來申”誤作“京申”，以為是英國公司的名稱，稱“萬年清”是被英國京申輪船公司的船撞沉了，引起一段訛傳。
《點石齋畫報》登載的“萬年清”案中國勝訴的報道。
上海是當時重要的通商口岸，根據一、二次鴉片戰爭中籤訂的開放