而馳名學校，成為北大最叫座的教授之一，在學生中即有“北胡南錢”之說。
王玉哲也在《我和中國上古史》中回憶說：“在北大歷史系講中國上古史課的，是當時古史名家錢穆先生。錢先生講上古史與別人不同，不是從遠古講起，而是先講戰國，再逆向講春秋。並且也不是一章一節、面面俱到地講，而是以學術問題為中心，從發現問題到解決問題，層層剖析，講得娓娓動聽，很能啟發人深入思考。”
錢穆在北京大學講授上古史的同時，又主講秦漢史，在清華大學、燕京大學、北平師範大學兼課時，也講授這門課程，深得各校學生的歡迎。據他的學生李埏回憶，1936年下半年，錢穆在北平師範大學歷史系講授秦漢史。當時聽者雲集，座無虛席，偌大的教室被擠得水洩不通。整個學期，錢穆“從未請過一次假，也沒有過遲到、早退。每上課，鈴聲猶未落，便開始講，沒有一句題外話。他以熾熱的情感和令人心折的評議，把聽講者帶入所講述的歷史環境中，如見其人，如聞其語”。
錢穆最受學生歡迎的是中國通史，這堂課先後上了八年之久。中國通史課每週兩堂，每堂兩小時。多安排在下午一點到三點，這時通常是學生最疲倦的時候，他卻能把枯燥的歷史課講得生動迷人，成了最吸引人的課，除了北大學生，其他高校學生也慕名前來旁聽。人一多不得不從小教室換到大教室，“每一堂將近三百人，坐立皆滿。”（《師友雜憶》）有的人一聽就是四年。其中有一個姓張的學生從北大一直聽到西南聯大，總共聽了六年之久，可見其吸引人的程度。錢穆也被學生評為北大最叫座的教授之一。
當年在北大有三個教授在學生中十分有名，被人稱為“歲寒三友”。“所謂三友，就是指錢穆、湯用彤和蒙文通三位先生。錢先生的高明，湯先生的沉潛，蒙先生的汪洋恣肆，都是了不起的大學問家。”
1937年“七七事變”後，日軍全面侵華。八九月間，日軍進佔北大校舍。北方各高校紛紛南遷，北大、清華、南開三校合併，在長沙組成臨時大學。錢穆將歷年講授中國通史增刪積成的五六厚冊筆記裝入衣箱底層夾縫，在十月與湯用彤、陳寅恪等人南下長沙，開始了抗戰時期流轉西南八年的學術生涯。與在北大時期一樣，錢穆在西南聯大主講中國通史，也吸引了大批學生。他的《國史大綱》新義迭出，創見尤多，被定為全國大學用書而一紙風行。所以內遷西南的各個高校都紛紛請他講學。
錢穆對顧頡剛一直抱有知遇之恩。在抗戰時期，顧頡剛在成都借齊魯大學設立國學研究所，希望錢穆任主任，錢遂離開西南聯大，於1940年到成都協助顧。雖然研究所所處的成都賴家園僻處鄉野田間，但錢穆認真講授，培養了嚴耕望、方詩銘等歷史學家。
錢穆之離開西南聯大，自然是由於顧頡剛的邀約，但也與那時校園的激進空氣有關。錢穆自述：“自餘離開聯大以後，左傾思想日益囂張，師生互為唱和。聞一多尤為跋扈，公開在報紙罵餘為冥頑不靈。……凡聯大左傾諸教授，幾無不視餘為公敵。”
錢穆教作文的方法很有趣。他認為，作文就是說話，口中如何說，筆下就如何寫。出口為言，下筆為文。他要求學生想說什麼如實寫下即可，遇到不認識的字，可以隨時提問。一天下午，錢穆要求學生做作文，作文題目為《今天的午飯》。學生的作文交上來以後，錢穆選擇一篇寫得好的抄在黑板上。這篇�