郡府便召他代理了校尉之職。
漢靈帝熹平元年，會稽郡人許昌在句章興兵作亂，自稱陽明皇帝，與其子許韶一起四處煽動諸縣，聚集起同夥數以萬計。孫堅以郡司馬的身份召募精良勇敢的壯士數千人，會同州郡官兵，奮力討伐，擊潰了這股勢力。刺史臧旻向朝廷呈報了孫堅的功勞，於是孫堅被任命為鹽瀆縣丞，數年後，又相繼改任盱眙縣丞和下邳縣丞。
當年太守臧旻向朝廷呈報平息許昌叛亂的情報，正好被在朝中做官的朱儁看到，朱儁對勇猛的孫堅很有好感，黃巾亂起之後於是徵調當時正在下邳擔任縣丞的孫堅前來麾下聽用，並任命孫堅為佐軍司馬。
要說這孫堅也確實不凡，歷任三縣縣丞，所到之處，都很有聲望，官吏百姓也親近順服，不少文士和武人相繼來投奔於他。孫堅對前來投奔的人都很熱情客氣，像對待自己的兄弟親友一樣。
有孫堅同鄉祖茂（字大榮），使用雙刀，自孫堅任郡裡校尉時便追隨左右，忠誠不二。
第66卷 第526節：羽翼漸豐劉大耳 （11）
有右北平土垠（今河北豐潤東）人程普（字德謀），善使鐵脊蛇矛，因仰慕孫堅威名，千里來投，被孫堅待為上賓。
有遼西令支（今河北遷安）人韓當（字義公），長於弓箭和騎術、膂力過人，隨程普同來投孫堅，孫堅十分賞識，闢為帳下先鋒。韓當於是追隨孫堅四處征伐周旋，每次打仗都衝鋒陷陣，身先士卒，數次冒險犯難，攻陷敵人、擒拿俘虜，屢建戰功。
又有吳郡錢塘（今浙江杭州）人吳景和丹楊故鄣（今浙江安吉）人朱治（字君理）在孫堅招募鄉勇之時相繼來投，被孫堅拜為帳下校尉。
孫堅得同僚指點，得知彭城人張昭（字子布），有大才，於是親往彭城相邀。張昭族人為黃巾禍害不淺，央求孫堅護送其族人南遷，孫堅慨然允諾，張昭遂投孫堅帳下。
至中平元年十月，各地黃巾聲勢漸弱，皇甫嵩和朱儁遂攜大軍出虎牢關，圍剿直接威脅到洛陽的黃巾軍波才部。此時波才已經攻打下潁川郡大部，正率重兵圍攻許昌；渠帥彭脫率領的五萬人也攻打下了汝南郡所平輿城，聽聞朝廷兩路大軍要抄波才後路，於是北上支援波才。大方首領張曼成率領三萬人攻打南陽郡宛城，久攻之下亦被其得手，稍做休整後，也準備回援波才一部。
按照皇甫嵩和朱儁最初的設想，這次兵分兩路定能一舉將圍攻許昌的波才部全殲。奈何戰場形勢瞬息萬變，等到漢軍來到許昌之後，才驚訝地發現許昌城已經被黃巾軍佔領，要想殲滅波才，那就只能硬著頭皮打一場攻堅戰。更讓人心驚的是，朝廷六萬人馬前腳剛剛圍困住波才，後腳波才的盟軍彭脫和張曼成率軍反包圍了朝廷軍馬。局面一下子倒向黃巾軍，而朝廷的軍馬卻面臨著被十餘萬黃巾軍圍殲的不利形勢。
朱儁趕緊派出手下悍不畏死的親兵，衝破黃巾軍層層封鎖，向正率一萬多人馬晝夜向潁川進發的孫堅報信示警。孫堅接到朝廷的訊息之後，聚集帳下幕僚和將領商議軍情。隨軍軍師張昭建言，一萬多援兵不過杯水車薪，不如採取“圍魏救趙”的策略，大軍轉向汝南，去抄彭脫的老窩。
孫堅覺得可行，於是率大軍沿淮水逆向而上，直撲淮水沿岸的汝陰城。孫堅親自領兵進攻汝陰城，他獨當一面，親冒矢石，率先登上了城牆。孫堅麾下部眾受到鼓舞，紛紛緊隨其後，大軍一日便攻下汝陰城。
稍做休整之後，孫堅立即率軍攻打汝南郡所平輿城東面不到百里的固始城。此戰孫堅麾下韓當勇猛作戰，身受多出箭傷毅然死戰不退，程普、祖茂等人亦奮勇殺敵，留守固始城的數千黃巾堅守三日後徹底潰敗，只逃出去數百人前往平輿報信。
第66卷 第527節：羽翼漸豐劉大耳 （12）