《後漢書·；鄭玄列傳》）往後的十多年裡，鄭玄勤奮著述，凡百餘成言。漢獻帝建安五年病卒，享年七十四歲。
鄭玄在經學史上的地位，范曄為其列傳時作了這樣的評論：“自秦焚六經，聖文埃滅。漢興，諸儒頗修藝文。及東京（指東漢）學者，亦各名家。而守文之徒，滯固所稟，異端紛紜，互相詭激，遂令經有數家，家有數說，章句多者或乃百餘萬言，學徒勞而少功，後生疑而莫正。鄭玄括囊大典，網羅眾家，刪裁繁誣，刊改漏失，自是學者略知所歸。”鄭玄站在“通學”的立場上遍注群經，“整”而“齊”之。史載，他注《易》、《尚書》、《毛詩》、《周禮》、《儀禮》、《禮記》、《論語》、《孝經》、《尚書大傳》以及《中候》、《乾象曆》；又著《天文七政論》、《魯禮 袷義》、《六藝論》、《毛詩譜》、《駁許慎五經異義》、《答臨孝存周禮難》等，凡百餘萬言。著書立說的成績如此巨大，遠在其師馬融和兩漢任何一位經學家之上。
在《易》學方面，鄭玄早年通《京氏易》，後來又通《費氏易》。其《易》注，以《費氏易》為主，相容《京氏易》，京即今古文《易》學的綜合研究。他以“禮”注《易》，強調“不晚迫害論”即社會倫理功能。改造了象數《易》學，是兩漢《易》學發展的最高成果。此外，鄭玄還提出八卦始於神農氏之說，與以前流行的伏羲說有別，可謂另創新說。
在《尚書》學方面，其《尚書》注，來源於賈逵、馬融，是東漢一代今古文《尚書》學的含有大成者。鄭注出現，“《古文尚書》遂顯於世”，為儒者所宗。
在《毛詩》學方面，鄭玄先學今文《韓詩》，後師從馬融研究《毛詩》。其《詩》學直接來源於馬融，他在《毛詩箋》以及《毛詩譜》，兼採了今文三家《詩》尤其是《韓詩》。他首次提出《毛詩》作者有大、小毛公之別，《毛詩譜》謂魯人“大毛公為《故訓傳》於其家，河間獻王得而獻之，以小毛公為博士。”此新說有何依據，不得而知。鄭玄還獨創了“箋”的名稱。就鄭玄《毛詩》“箋”注內容而言，也是多以《禮》解釋《詩》，強調禮制的作用，宣揚封建倫理的功效。此外，鄭玄首次提示了《詩》之《大序》為子夏所撰，《小序》則為子夏、毛公合作。
在“三禮”學方面，鄭玄《周官注》來源於馬融；而注《禮》經（《儀禮》），是校讀�