南宋時期開始，一直到明朝，
士紳不再是一個有地位的群體，而是一個龐大的階層，滲透到了南宋社會的各個角落。
因為南宋之後，科舉分為州試、省試、殿試三級，
雖然只要透過省試便有名次，但仍有大量的考生因無法透過省試而落榜。
以明朝為例，200萬童生僅有3萬能成為生員，1500人成為舉人，300人能獲得進士學銜的殘酷淘汰率來看，
一個立志在科舉中考取功名的人，只有1\/6000的機率能成為進士。
但明太祖朱元璋，顯然不願看到這1\/6000之外的失敗者，自暴自棄、甚至投敵，
畢竟大明朝周圍的敵人，還有很多，如蒙古的瓦剌、韃靼、安南、遼東女真、麓川土司等。
這顯然不符合，大明朝的國家利益，
出於鞏固皇權，籠絡文人的需要，
明太祖朱元璋，雖然不能給舉人之下的落榜者官職，
卻給予了他們很高的社會地位，並給予他們免除徭役納稅等優惠，
這就是明朝祖制“官紳不當差、不納糧”的由來，也是明朝立國之根本。
而這些沒有考取功名獲得官職但有一定社會地位的讀書人，
就和那些考取功名進入體制內的官僚，
一起構成了大明朝全國的統治的基礎———官僚、士紳階層。
而那些沒有功名的底層士紳階層，最尷尬的地方在於，
他們讀書人的身份，使他們既不能經商，又為了尊嚴而不能務農，
所以他們就利用自己讀書人的人脈，和那些當官的官僚階層，聯合在一起，成為了地方上得統治階層。
而在“皇權止於縣政”的大背景下，
大明帝國又不得不倚靠這些底層士紳，幫助治理鄉里，這也是古代小農經濟的無奈之處。
畢竟依靠底層士紳治理地方，大明朝不用支付一分錢的工資，就實現了全國的管理。
如，在電視劇《大明王朝1566》中，
海瑞任職的淳安縣，
除了海瑞是朝廷派遣，大明朝要支付工資官員俸祿。
剩下的師爺、捕快等都是沒有工資俸祿的，
他們師爺、捕快，正是地方上底層士紳的代表，
朝廷空降的縣令，想要治理一方，就必須要倚靠這些地頭蛇，
而他們也相應的擁有了地方上得調停權和租稅權，
成為了大明王朝，在全國各地的統治根基，
成為了皇權的重要輔助，
所以，無論底層還是高層士紳，對最高統治者皇權而言，都不可或缺。
正所謂
皮之不存，毛將焉附 ，
反之亦然，
毛不焉附，皮之不存。
如，元末沒有上升通道計程車紳階層，在元朝後期，成為元末起義的背後推手。
明太祖朱元璋，之所以最後獲得天下，就是跟士紳階層相互合作的結果。
但明太祖朱元璋，從內心深處是痛恨士紳階層的，
再加上當時很多江南士紳感懷張士誠的寬大政策，
更是引發了朱元璋對江南士紳集團的瘋狂報復。
所以朱元璋奪其土地，遷其住所，增其捐稅。
而在剷除士紳經濟基礎的同時，
朱元璋還廢除了宰相制度，奪走了文官集團的話語權，
士紳階層在明初，受到了前所未有的打擊，
沈萬三家族的淪落，就是最好的說明。
問題是，即便朱元璋一度停止科舉，對士紳階層釜底抽薪，